macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install flyelocal Homebrew formula metadata
brew
flye を Homebrew, apt, Nix でインストール
flye のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#flyenixpkgs package indexes · pkgs/by-name/fl/flye/package.nix · ソース: api.github.com
概要
パッケージ概要
De novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- flye
- flye-minimap2
- flye-modules
- flye-samtools
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
Flye is a de novo assembler for long, single-molecule sequencing reads from platforms such as PacBio and Oxford Nanopore. It is distributed as a command-line bioinformatics package and presents a complete assembly pipeline from raw reads to polished contigs, with special support for metagenome assembly through metaFlye.
プロジェクトの歴史
The project grew out of the ABruijn/Flye line of assemblers developed in Pavel Pevzner's lab at UCSD. Its official release history shows early releases under the ABruijn name in 2016 and 2017, followed by Flye releases from the 2.x series onward.
Flye's core technical identity is its repeat graph approach. The README describes repeat graphs as an alternative to de Bruijn graphs for noisy long-read data, using approximate sequence matches and classifying graph edges as unique or repetitive to support reconstruction of assemblies.
採用の歴史
Flye became a standard packaged long-read assembler in bioinformatics workflows because it targets both PacBio and Oxford Nanopore reads, covers bacterial through mammalian-scale assemblies, and advertises Bioconda installation from the official README. The input package metadata also records packaging across Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix.
使われ方
Typical usage is as the `flye` CLI: users provide raw PacBio or ONT reads, select the appropriate read mode, and receive polished contigs and graph outputs. The README also documents metagenome assembly, benchmark datasets, and downstream visualization or phasing tools.
パッケージ好きにとっての重要性
Flye is notable to package maintainers because it combines Python/C++ bioinformatics code with bundled third-party components such as minimap2 and samtools, while remaining a user-facing CLI. It is also a good example of a research tool that crossed into routine package-manager distribution because long-read sequencing became common laboratory infrastructure.
タイムライン
- 2016: ABruijn v1.0 was released.
- 2018: The 2.3 release line appeared under the Flye name.
- 2019: The Flye repeat-graph assembler paper was published in Nature Biotechnology.
- 2020: metaFlye for long-read metagenome assembly was published in Nature Methods.
- 2021: Flye 2.9 added updated high-quality Nanopore and HiFi behavior and other assembly improvements.
- 2025: Flye 2.9.6 was released as a minor fix release.
Related projects
- Related projects named by the official README include metaFlye, HapDup, strainy, AGB, Bandage, minimap2, and samtools.
ソース
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- 2 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
flye | cli | グローバル実行可能ファイル | |
flye-minimap2 | cli | グローバル実行可能ファイル | |
flye-modules | cli | グローバル実行可能ファイル | |
flye-samtools | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-07-10
マネージャ版2.9.6
マネージャ更新日2026-06-22
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新2.9.6
https://github.com/mikolmogorov/Flye
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:flye |
|---|---|
| バージョン | 2.9.6 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/flye |
| ホームページ | https://github.com/mikolmogorov/Flye |
| リポジトリ | https://github.com/mikolmogorov/Flye |
| 上流ドキュメント | https://github.com/mikolmogorov/Flye |
| ライセンス | BSD-3-Clause AND Apache-2.0 AND BSL-1.0 AND CC-BY-3.0 AND MIT |
| ソースアーカイブ | https://github.com/mikolmogorov/Flye/archive/refs/tags/2.9.6.tar.gz |
| 最終更新 | 2026-06-22T14:03:21-07:00 |
| Pulse | updated |
| 依存関係 | python@3.14, samtools |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | flye |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
flye 2.9.5+dfsg-1
de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
https://github.com/fenderglass/Flye
sudo apt install flye- Section: science
- Architecture: amd64
- 8 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Flye
Nix95%
flye
nix profile install nixpkgs#flye- normalized package name match
- 一致条件: Flye
Ubuntu apt95%
flye 2.9.3+dfsg2-1
de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
https://github.com/fenderglass/Flye
sudo apt install flye- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 8 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Flye
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment