インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install abricate

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

Find antimicrobial resistance and virulence genes in contigs

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

abricate
abricate-get_db

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

ABRicate is a Perl command-line tool for mass screening assembled contigs against antimicrobial-resistance and virulence-gene databases. It matters to package maintainers because it wraps BLAST+, database setup, and summary reporting into a familiar Unix bioinformatics command.

プロジェクトの歴史

The first GitHub release, v0.1, was published as 'Debut' on April 2, 2015. The README describes the project as mass screening of contigs for antimicrobial resistance or virulence genes and explains that the name combines the common acronym ABR, for antibiotic resistance, with an English-verb-like form.

採用の歴史

ABRicate became useful in workflow packaging because the README documents Bioconda installation, source installation, dependency checks, database setup, and operation through a single abricate command. The current Homebrew input metadata shows it packaged for Homebrew, while upstream also advertises Bioconda download badges.

使われ方

The tool screens assemblies, not raw FASTQ reads, and reports gene hits with coverage, identity, database, accession, product, and resistance fields. It can process many files, read a file-of-filenames, summarize reports into a presence/absence matrix, update bundled databases, and build custom nucleotide databases.

パッケージ好きにとっての重要性

ABRicate is a classic bioinformatics packaging target: a Perl entry point with external command dependencies, bundled or downloadable reference databases, and a check/setup workflow that packagers and workflow engines can exercise after install. Its release history also tracks database refreshes and CI migration.

タイムライン

2015: v0.1 Debut release.
2020: v1.0.0 added file-of-filenames scanning, defaults around coverage/identity thresholds, MEGARES docs, and NCBI/CARD database support.
2025: v1.2.0 refreshed databases, moved CI to GitHub Actions, switched download code to Perl File::Fetch, and improved docs.
2026: v1.4.0 added a UPEC/ExPEC virulence-factors database and updated NCBI AMR data.

Related projects

The README points users to ARIBA, ResFinder, RGI, SRST2, and AMRFinderPlus when ABRicate is not the right fit. It also bundles or references databases including NCBI AMRFinderPlus, CARD, ResFinder, ARG-ANNOT, MEGARES, PlasmidFinder, VFDB, VICTORS, BacMet, and UPEC/ExPEC VF.

ソース

https://github.com/tseemann/abricate#readme
https://github.com/tseemann/abricate/releases
input source_facts.package-manager

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

Homebrew はこの formula に post-install フックを宣言しています。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
3 件の実行時依存関係とともにインストールされます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`abricate`	cli	グローバル実行可能ファイル
`abricate-get_db`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-10

マネージャ版1.4.0

マネージャ更新日2026-06-22

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v1.4.0

https://github.com/tseemann/abricate

OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:abricate
バージョン	1.4.0
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/abricate
ホームページ	https://github.com/tseemann/abricate
リポジトリ	https://github.com/tseemann/abricate
上流ドキュメント	https://github.com/tseemann/abricate#readme
ライセンス	GPL-2.0-only
ソースアーカイブ	https://github.com/tseemann/abricate/archive/refs/tags/v1.4.0.tar.gz
最終更新	2026-06-22T14:02:40-07:00
Pulse	updated
依存関係	any2fasta, bioperl, blast
macOS 提供ライブラリ	perl, unzip
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	定義済み
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	abricate
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/abricate.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

abricate を Homebrew でインストール