macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install samtoolslocal Homebrew formula metadata
MacPorts確認済み · 94%
sudo port install samtoolsMacPorts ports tree · science/samtools/Portfile · ソース: api.github.com
brew
samtools を Homebrew, apt, dnf, MacPorts, Nix, zypper でインストール
samtools のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install samtoolsDebian stable package indexes · samtools · ソース: deb.debian.org
Fedora dnf確認済み · 92%
sudo dnf install samtoolsFedora Rawhide package metadata · samtools · ソース: dl.fedoraproject.org
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#samtoolsnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sa/samtools/package.nix · ソース: api.github.com
openSUSE zypper確認済み · 92%
sudo zypper install samtoolsopenSUSE Tumbleweed package metadata · samtools · ソース: download.opensuse.org
概要
パッケージ概要
Tools for manipulating next-generation sequencing data
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- ace2sam
- blast2sam.pl
- bowtie2sam.pl
- export2sam.pl
- fasta-sanitize.pl
- interpolate_sam.pl
- maq2sam-long
- maq2sam-short
- md5fa
- md5sum-lite
- novo2sam.pl
- plot-ampliconstats
- plot-bamstats
- psl2sam.pl
- sam2vcf.pl
- samtools
- samtools.pl
- seq_cache_populate.pl
- soap2sam.pl
- wgsim
- wgsim_eval.pl
- zoom2sam.pl
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- 1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
ace2sam | cli | グローバル実行可能ファイル | |
blast2sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
bowtie2sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
export2sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
fasta-sanitize.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
interpolate_sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
maq2sam-long | cli | グローバル実行可能ファイル | |
maq2sam-short | cli | グローバル実行可能ファイル | |
md5fa | cli | グローバル実行可能ファイル | |
md5sum-lite | cli | グローバル実行可能ファイル | |
novo2sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
plot-ampliconstats | cli | グローバル実行可能ファイル | |
plot-bamstats | cli | グローバル実行可能ファイル | |
psl2sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
sam2vcf.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
samtools | cli | グローバル実行可能ファイル | |
samtools.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
seq_cache_populate.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
soap2sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
wgsim | cli | グローバル実行可能ファイル | |
wgsim_eval.pl | cli | グローバル実行可能ファイル | |
zoom2sam.pl | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-07-10
マネージャ版1.24
マネージャ更新日2026-07-09
ローカルデータOK
上流not checked
検出された最新未検出
https://github.com/samtools/samtools
- 情報No cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/samtools/samtools信頼度 none
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:samtools |
|---|---|
| バージョン | 1.24 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/samtools |
| ホームページ | https://www.htslib.org/ |
| リポジトリ | https://github.com/samtools/samtools |
| 上流ドキュメント | https://www.htslib.org/doc |
| ライセンス | MIT |
| ソースアーカイブ | https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.24/samtools-1.24.tar.bz2 |
| 最終更新 | 2026-07-09T19:51:46Z |
| Pulse | updated |
| 依存関係 | htslib |
| macOS 提供ライブラリ | ncurses |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | samtools |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
samtools 1.21-1
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: science
- Architecture: amd64
- 5 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
Debian apt95%
samtools-test 1.21-1
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
Nix95%
samtools
nix profile install nixpkgs#samtools- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
Ubuntu apt95%
samtools 1.19.2-1build2
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
Ubuntu apt95%
samtools-test 1.19.2-1build2
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
dnf95%
samtools 1.23.1-1.fc45
Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format
sudo dnf install samtools- License: MIT
- Category: Unspecified
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 8 依存関係
- 1 提供
- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
zypper95%
samtools 1.21-1.3
Tools for manipulating next-generation sequencing data
https://github.com/samtools/samtools
sudo zypper install samtools- License: MIT
- Category: Productivity/Scientific/Other
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 10 依存関係
- 1 提供
- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
MacPorts95%
samtools
sudo port install samtools- normalized package name match
- 一致条件: Samtools
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment