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brew

abpoa を Homebrew, apt, Nix でインストール

abpoa のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install abpoa

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install abpoa

Debian stable package indexes · abpoa · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#abpoa

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ab/abpoa/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

SIMD-based C library for fast partial order alignment using adaptive band

コマンドとエイリアス

  • abpoa

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

abPOA is a C library and command-line tool for adaptive-banded partial-order alignment, multiple sequence alignment, and consensus generation. Package maintainers care about it because it exposes a performance-sensitive bioinformatics primitive as a small buildable C package with command-line, conda, Homebrew, and Python-facing usage.

プロジェクトの歴史

The first GitHub release, v1.0.0, was published on April 15, 2020. The project was described in Bioinformatics later in 2020 as an SIMD-based C library for fast partial order alignment using adaptive banding, and the upstream README presents it as an extended version of partial-order alignment with adaptive banded dynamic programming and SIMD implementation.

採用の歴史

The README documents installation via conda and Homebrew, source builds, prebuilt Linux and macOS binaries, and a pyabpoa Python package. The input metadata also shows distribution packaging in Homebrew, Debian, Nix, and Ubuntu, which is typical for bioinformatics tools that need both reproducible workflows and local command-line execution.

使われ方

abPOA accepts FASTA, FASTQ, and gzip-compressed FASTA/FASTQ input, performs sequence-to-graph alignment, emits consensus FASTA by default, and can also emit row-column MSA, GFA graph output, amino-acid consensus, and graph plots. The README documents global, local, and extension alignment modes plus linear, affine, and convex gap penalties.

パッケージ好きにとっての重要性

The package is significant because it turns a common long-read consensus and MSA building block into a portable SIMD-aware command-line dependency. Its release notes continue to mention packaging-facing work such as pyproject.toml for pyabpoa and SIMD dispatch.

タイムライン

  • 2020: First public GitHub release v1.0.0.
  • 2020: Bioinformatics article published for abPOA.
  • 2025: v1.5.4 added SIMD dispatch and Python 3.13 installation fixes.
  • 2026: v1.5.6 added easier incremental MSA and pyproject.toml for pyabpoa.

Related projects

  • The README explicitly frames abPOA as an extension of partial-order alignment and references heaviest bundling for consensus generation. It also ships pyabpoa for Python users and connects to Bioconda and Homebrew packaging for workflow installation.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

library-like package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • library-like package without higher-risk signals

信号

  • metadata:library-like

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
abpoacliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08
マネージャ版1.5.6
マネージャ更新日2026-05-26
ローカルデータOK
上流not checked
検出された最新未検出

https://github.com/yangao07/abPOA

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:abpoa
バージョン1.5.6
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/abpoa
ホームページhttps://github.com/yangao07/abPOA
リポジトリhttps://github.com/yangao07/abPOA
上流ドキュメントhttps://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa963
ライセンスMIT
ソースアーカイブhttps://github.com/yangao07/abPOA/releases/download/v1.5.6/abPOA-v1.5.6.tar.gz
最終更新2026-05-26T23:37:46-04:00
Pulseupdated
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Nameabpoa
Version Scheme0
Revision0
Head VersionHEAD
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • head
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

abpoa 1.5.3-1+b4

adaptive banded Partial Order Alignment

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install abpoa
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • Source Package: abpoa
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abpoa
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: abpoa from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

python3-pyabpoa 1.5.3-1+b4

adaptive banded Partial Order Alignment - python3 module

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install python3-pyabpoa
  • Section: python
  • Architecture: amd64
  • Source Package: abpoa
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abpoa
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: python3-pyabpoa from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

abpoa

nix profile install nixpkgs#abpoa
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abpoa
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/ab/abpoa/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

abpoa 1.5.1-1build1

adaptive banded Partial Order Alignment

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install abpoa
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abpoa
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: abpoa from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

python3-pyabpoa 1.5.1-1build1

adaptive banded Partial Order Alignment - python3 module

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install python3-pyabpoa
  • Section: universe/python
  • Architecture: amd64
  • Source Package: abpoa
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abpoa
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: python3-pyabpoa from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

同じワークフロー

  • diamondShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • mafftShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • minimap2Shares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • spoof-macShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, partial-order-alignment, science, sequence-alignment.
  • blastShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • bwaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment