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brew

abyss を Homebrew, apt, MacPorts でインストール

abyss のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install abyss

local Homebrew formula metadata

MacPorts確認済み · 94%
sudo port install abyss

MacPorts ports tree · www/abyss/Portfile · ソース: api.github.com

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install abyss

Debian stable package indexes · abyss · ソース: deb.debian.org

概要

パッケージ概要

Genome sequence assembler for short reads

コマンドとエイリアス

  • ABYSS
  • ABYSS-P
  • AdjList
  • Consensus
  • DAssembler
  • DistanceEst
  • DistanceEst-ssq
  • KAligner
  • MergeContigs
  • MergePaths
  • Overlap
  • ParseAligns
  • PathConsensus
  • PathOverlap
  • PopBubbles
  • SimpleGraph
  • abyss-align
  • abyss-bloom
  • abyss-bloom-dbg
  • abyss-bloom-dist.mk
  • abyss-bowtie
  • abyss-bowtie2
  • abyss-bwa
  • abyss-bwamem
  • abyss-bwasw
  • abyss-db-csv
  • abyss-db-txt
  • abyss-dida
  • abyss-fac
  • abyss-fatoagp
  • abyss-filtergraph
  • abyss-fixmate

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

ABySS is a de novo genome sequence assembler for short paired-end reads, developed at the BC Cancer Genome Sciences Centre and distributed as command-line tools such as abyss-pe and ABYSS-P.

プロジェクトの歴史

The official changelog records ABySS 1.0 on 2008-08-07. Its 2009 Genome Research paper described ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data, and the project page identifies it as a parallel, paired-end assembler using MPI for larger genomes.

ABySS 2.0, released in 2016 and described in a 2017 Genome Research paper, added a Bloom filter assembly mode to reduce memory use for large genomes. Later releases continued to tune Bloom filter assembly, linked-read scaffolding, RResolver integration, and compiler/platform support.

採用の歴史

ABySS became part of bioinformatics packaging culture because it exposed a substantial Unix-style command suite around a reproducible assembly pipeline and was packaged by Homebrew, Debian, Ubuntu, MacPorts, and Bioconda.

The project page notes a 2015 International Bioinformatics Resource Award from the Swiss Institute of Bioinformatics, reflecting broader scientific use beyond the original BC Cancer group.

使われ方

Typical use is batch-oriented: users install ABySS through Conda, Homebrew, or from source, then run abyss-pe with parameters such as k and Bloom filter memory settings for paired-end short-read assembly.

The README documents cluster-oriented MPI mode, Bloom filter mode, scaffolding, linked-read workflows, and related tools such as ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, and abyss-bloom.

パッケージ好きにとっての重要性

ABySS matters to package maintainers because it combines compiled C++ code, MPI/OpenMP, optional scientific dependencies, many installed executables, and large-memory workloads in one formula.

It is a good example of a scientific CLI whose packaging value is not just the top-level binary but a coordinated toolchain used inside reproducible bioinformatics pipelines.

タイムライン

  • 2008: ABySS 1.0 released.
  • 2009: Genome Research paper presents ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data.
  • 2015: ABySS wins the Swiss Institute of Bioinformatics International Bioinformatics Resource Award.
  • 2016: ABySS 2.0 introduces Bloom filter assembly mode.
  • 2017: ABySS 2.0 paper describes resource-efficient large-genome assembly using a Bloom filter.
  • 2021: ABySS 2.3.0 makes RResolver part of the default pipeline.

Related projects

  • Related projects in the official README include Trans-ABySS, ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, btllib, Open MPI, Boost, and samtools.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
  • 3 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
  • ビルドメタデータには 2 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
ABYSScliグローバル実行可能ファイル
ABYSS-Pcliグローバル実行可能ファイル
AdjListcliグローバル実行可能ファイル
Consensuscliグローバル実行可能ファイル
DAssemblercliグローバル実行可能ファイル
DistanceEstcliグローバル実行可能ファイル
DistanceEst-ssqcliグローバル実行可能ファイル
KAlignercliグローバル実行可能ファイル
MergeContigscliグローバル実行可能ファイル
MergePathscliグローバル実行可能ファイル
Overlapcliグローバル実行可能ファイル
ParseAlignscliグローバル実行可能ファイル
PathConsensuscliグローバル実行可能ファイル
PathOverlapcliグローバル実行可能ファイル
PopBubblescliグローバル実行可能ファイル
SimpleGraphcliグローバル実行可能ファイル
abyss-aligncliグローバル実行可能ファイル
abyss-bloomcliグローバル実行可能ファイル
abyss-bloom-dbgcliグローバル実行可能ファイル
abyss-bloom-dist.mkcliグローバル実行可能ファイル
abyss-bowtiecliグローバル実行可能ファイル
abyss-bowtie2cliグローバル実行可能ファイル
abyss-bwacliグローバル実行可能ファイル
abyss-bwamemcliグローバル実行可能ファイル
abyss-bwaswcliグローバル実行可能ファイル
abyss-db-csvcliグローバル実行可能ファイル
abyss-db-txtcliグローバル実行可能ファイル
abyss-didacliグローバル実行可能ファイル
abyss-faccliグローバル実行可能ファイル
abyss-fatoagpcliグローバル実行可能ファイル
abyss-filtergraphcliグローバル実行可能ファイル
abyss-fixmatecliグローバル実行可能ファイル
abyss-fixmate-ssqcliグローバル実行可能ファイル
abyss-gapfillcliグローバル実行可能ファイル
abyss-gccliグローバル実行可能ファイル
abyss-indexcliグローバル実行可能ファイル
abyss-junctioncliグローバル実行可能ファイル
abyss-kalignercliグローバル実行可能ファイル
abyss-layoutcliグローバル実行可能ファイル
abyss-longseqdistcliグローバル実行可能ファイル
abyss-mapcliグローバル実行可能ファイル
abyss-map-ssqcliグローバル実行可能ファイル
abyss-mergepairscliグローバル実行可能ファイル
abyss-overlapcliグローバル実行可能ファイル
abyss-paired-dbgcliグローバル実行可能ファイル
abyss-paired-dbg-mpicliグローバル実行可能ファイル
abyss-pecliグローバル実行可能ファイル
abyss-rresolver-shortcliグローバル実行可能ファイル
abyss-samtoafgcliグローバル実行可能ファイル
abyss-scaffoldcliグローバル実行可能ファイル
abyss-sealercliグローバル実行可能ファイル
abyss-stack-sizecliグローバル実行可能ファイル
abyss-tabtomdcliグローバル実行可能ファイル
abyss-todotcliグローバル実行可能ファイル
abyss-tofastqcliグローバル実行可能ファイル
konnectorcliグローバル実行可能ファイル
logcountercliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08
マネージャ版2.3.10
マネージャ更新日2026-07-04
ローカルデータOK
上流not checked
検出された最新未検出

https://github.com/BirolLab/abyss

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:abyss
バージョン2.3.10
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/abyss
ホームページhttps://www.bcgsc.ca/resources/software/abyss
リポジトリhttps://github.com/BirolLab/abyss
上流ドキュメントhttps://github.com/bcgsc/abyss#readme
ライセンスGPL-3.0-only AND LGPL-2.1-or-later AND MIT AND BSD-3-Clause
ソースアーカイブhttps://github.com/BirolLab/abyss/releases/download/2.3.10/abyss-2.3.10.tar.gz
最終更新2026-07-04T16:53:41+09:00
Pulseupdated
依存関係btllib, libomp, open-mpi
ビルド依存関係boost, google-sparsehash
macOS 提供ライブラリsqlite
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Nameabyss
Version Scheme0
Revision1
Head VersionHEAD
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • head
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

abyss 2.3.10-1+b1

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • Source Package: abyss
  • 11 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abyss
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: abyss from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

abyss 2.3.7-2ubuntu3

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 11 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abyss
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: abyss from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
MacPorts95%

abyss

sudo port install abyss
  • normalized package name match
  • 一致条件: Abyss
MacPorts ports tree · api.github.com · MacPorts ports tree: www/abyss/Portfile from https://api.github.com/repos/macports/macports-ports/git/trees/master?recursive=1

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

関連ツール

  • btllibRuntime dependency declared by Homebrew.
  • open-mpiRuntime dependency declared by Homebrew.

同じワークフロー

  • flyeShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science.
  • spadesShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science.
  • polypolishShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science, short-reads.
  • bwaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, short-reads.
  • abpoaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science.
  • abricateShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment