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brew

spades を Homebrew, apt, Nix でインストール

spades のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install spades

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install spades

Debian stable package indexes · spades · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#spades

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sp/spades/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

De novo genome sequence assembly

コマンドとエイリアス

  • coronaspades.py
  • metaplasmidspades.py
  • metaspades.py
  • metaviralspades.py
  • plasmidspades.py
  • rnaspades.py
  • rnaviralspades.py
  • spades-bwa
  • spades-convert-bin-to-fasta
  • spades-core
  • spades-corrector-core
  • spades-gbuilder
  • spades-gfa-split
  • spades-gmapper
  • spades-gsimplifier
  • spades-hammer
  • spades-ionhammer
  • spades-kmer-estimating
  • spades-kmercount
  • spades-read-filter
  • spades.py
  • spades_init.py

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

SPAdes is a genome assembly toolkit distributed as command-line pipelines for sequencing data. In package-manager culture it matters less as a package manager itself and more as a scientific CLI with many entry points that system package indexes make easier to install reproducibly.

プロジェクトの歴史

The SPAdes project traces its cited work back to the 2012 and 2013 SPAdes papers, and the current official repository was created on GitHub in 2016. Its README presents SPAdes as a toolkit for assembly and analysis of sequencing data, primarily Illumina data, with support for IonTorrent and hybrid modes using long reads as supplementary data.

採用の歴史

SPAdes accumulated specialized pipelines around common genomics workflows, including metaSPAdes, plasmidSPAdes, metaviralSPAdes, rnaSPAdes, and coronaSPAdes. The official citation guidance lists papers for these modes, reflecting adoption across bacterial, metagenomic, viral, transcriptomic, plasmid, and public-health sequencing use cases.

使われ方

Users usually run `spades.py` or one of the mode-specific wrappers with input read files and an output directory, then inspect generated assemblies and logs. The package also ships standalone utilities for k-mer counting, graph operations, sequence-to-graph alignment, and related assembly tasks.

パッケージ好きにとっての重要性

SPAdes is a good example of why scientific CLIs get packaged broadly: it has compiled code, Python entry points, test commands, large release artifacts, and many subcommands that researchers want to install through Homebrew, Debian/Ubuntu, Nix, or other reproducible environments instead of hand-building each lab machine.

タイムライン

  • 2012: Early SPAdes paper cited by the official project.
  • 2013: Additional early SPAdes paper cited by the official project.
  • 2016: Current public GitHub repository created.
  • 2017: metaSPAdes paper listed in official citation guidance.
  • 2022: coronaSPAdes paper listed in official citation guidance.

Related projects

  • Related SPAdes modes and pipelines include metaSPAdes, plasmidSPAdes, metaviralSPAdes, rnaSPAdes, biosyntheticSPAdes, coronaSPAdes, and SPlitteR.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
  • 2 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
  • ビルドメタデータには 1 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
coronaspades.pycliグローバル実行可能ファイル
metaplasmidspades.pycliグローバル実行可能ファイル
metaspades.pycliグローバル実行可能ファイル
metaviralspades.pycliグローバル実行可能ファイル
plasmidspades.pycliグローバル実行可能ファイル
rnaspades.pycliグローバル実行可能ファイル
rnaviralspades.pycliグローバル実行可能ファイル
spades-bwacliグローバル実行可能ファイル
spades-convert-bin-to-fastacliグローバル実行可能ファイル
spades-corecliグローバル実行可能ファイル
spades-corrector-corecliグローバル実行可能ファイル
spades-gbuildercliグローバル実行可能ファイル
spades-gfa-splitcliグローバル実行可能ファイル
spades-gmappercliグローバル実行可能ファイル
spades-gsimplifiercliグローバル実行可能ファイル
spades-hammercliグローバル実行可能ファイル
spades-ionhammercliグローバル実行可能ファイル
spades-kmer-estimatingcliグローバル実行可能ファイル
spades-kmercountcliグローバル実行可能ファイル
spades-read-filtercliグローバル実行可能ファイル
spades.pycliグローバル実行可能ファイル
spades_init.pycliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08
マネージャ版4.3.0
マネージャ更新日2026-06-14
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v4.3.0

https://github.com/ablab/spades

  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:spades
バージョン4.3.0
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/spades
ホームページhttps://ablab.github.io/spades/
リポジトリhttps://github.com/ablab/spades
上流ドキュメントhttps://ablab.github.io/spades
ライセンスGPL-2.0-only
ソースアーカイブhttps://github.com/ablab/spades/archive/refs/tags/v4.3.0.tar.gz
最終更新2026-06-14T16:22:41Z
Pulseupdated
依存関係libomp, python@3.14
ビルド依存関係cmake
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namespades
Version Scheme0
Revision0
Head VersionHEAD
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • head
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

spades 4.0.0+really3.15.5+dfsg-1

genome assembler for single-cell and isolates data sets

https://github.com/ablab/spades

sudo apt install spades
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 14 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Spades
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: spades from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

spades

nix profile install nixpkgs#spades
  • normalized package name match
  • 一致条件: Spades
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sp/spades/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

spades 3.15.5+dfsg-7

genome assembler for single-cell and isolates data sets

http://cab.spbu.ru/software/spades/

sudo apt install spades
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 14 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Spades
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: spades from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

関連ツール

  • python@3.14Runtime dependency declared by Homebrew.
  • cmakeBuild dependency declared by Homebrew.

同じワークフロー

  • abyssShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science.
  • flyeShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science.
  • adapterremovalShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • alevin-fryShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • bbtoolsShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • bowtie2Shares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment