Automic VaultAutomic Vault

brew

snakemake を Homebrew, apt, dnf, Nix でインストール

snakemake のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install snakemake

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install snakemake

Debian stable package indexes · snakemake · ソース: deb.debian.org

Fedora dnf確認済み · 92%
sudo dnf install snakemake

Fedora Rawhide package metadata · snakemake · ソース: dl.fedoraproject.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#snakemake

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

Pythonic workflow system

コマンドとエイリアス

  • snakemake

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

Snakemake is a Python-based workflow management system for reproducible and scalable data analyses, especially common in bioinformatics and scientific computing.

プロジェクトの歴史

The official citation page identifies the initial Snakemake publication as a 2012 Bioinformatics article, followed by a 2021 rolling paper for ongoing feature updates. The official GitHub README describes Snakemake workflows as human-readable, Python-based definitions that scale from local machines to server, cluster, grid, and cloud environments.

採用の歴史

The official README reports that Snakemake was receiving more than seven new citations per week in 2021 and had almost 400k downloads at that time. The supplied metadata shows distribution through Homebrew, Debian, Ubuntu, Fedora/DNF, and Nix.

使われ方

Users describe workflows in Snakefiles, define rules, inputs, outputs, and software environments, and run snakemake to build requested targets. The official deployment docs recommend a repository layout with workflow code under workflow/ and configuration under config/, including config/config.yaml examples.

パッケージ好きにとっての重要性

Snakemake is significant for package maintainers because it bridges language-level workflow definitions, reproducible software deployment, Conda/container integration, and distribution through multiple OS package managers.

タイムライン

  • 2012: Initial Snakemake paper published in Bioinformatics.
  • 2019: Current official GitHub repository created.
  • 2021: Sustainable data analysis with Snakemake rolling paper published.
  • 2024: Snakemake 8 release line decomposes functionality into plugins.
  • 2026: Stable documentation tracks Snakemake 9.x.

Related projects

  • Snakemake workflow catalog
  • Snakemake wrappers
  • Snakemake executor plugins
  • Conda
  • Apptainer

セキュリティ状態

保護ツール対応はまだ見つかっていません

snakemake に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、Nucleus パッケージメタデータはここに公開されています。

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
  • 6 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
  • ビルドメタデータには 1 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

local files

Configuration and credential file locations

These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.

Configuration files

Config paths the tool may read or write during local use.

Unix
config/config.yaml

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
snakemakecliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-26
マネージャ版9.23.1
マネージャ更新日2026-07-25
ローカルデータOK
上流not checked
検出された最新未検出

https://snakemake.readthedocs.io/

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:snakemake
バージョン9.23.1
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/snakemake
ホームページhttps://snakemake.readthedocs.io/
リポジトリhttps://github.com/snakemake/snakemake
上流ドキュメントhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable
ライセンスMIT
ソースアーカイブhttps://files.pythonhosted.org/packages/9e/c2/45aa858e55edbb7dbc243ed60859f4f3d92d63ecdd67a80632aa3659fe6b/snakemake-9.23.1.tar.gz
最終更新2026-07-25T10:55:01Z
Pulseupdated
依存関係cbc, certifi, libyaml, pydantic, python@3.14, rpds-py
ビルド依存関係rust
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namesnakemake
Version Scheme0
Revision2
Head VersionHEAD
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • head
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

snakemake 7.32.4-7

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake
  • Section: science
  • Architecture: all
  • 28 依存関係
  • 17 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Snakemake
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

snakemake-doc 7.32.4-7

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: snakemake
  • 4 依存関係
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Snakemake
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

snakemake

nix profile install nixpkgs#snakemake
  • normalized package name match
  • 一致条件: Snakemake
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

snakemake 7.32.4-2

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • 29 依存関係
  • 17 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Snakemake
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

snakemake-doc 7.32.4-2

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: snakemake
  • 4 依存関係
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Snakemake
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
dnf95%

snakemake 9.21.1-3.fc45~bootstrap

Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/index.html

sudo dnf install snakemake
  • License: Apache-2.0 AND BSD-2-Clause AND BSD-3-Clause AND ISC AND MIT AND MIT-0
  • Category: Unspecified
  • Architecture: noarch
  • Source Package: snakemake
  • 5 依存関係
  • 5 提供
  • normalized package name match
  • 一致条件: Snakemake
Fedora Rawhide package metadata · dl.fedoraproject.org · Fedora Rawhide package metadata: snakemake from https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/development/rawhide/Everything/x86_64/os/repodata/e5ca8ce900cd68f5419e1c39ae517343100b306336cbaeb70a3c153121d95094-primary.xml.zst
dnf95%

snakemake+reports 9.21.1-3.fc45~bootstrap

Metapackage for snakemake: reports extras

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/index.html

sudo dnf install snakemake+reports
  • License: Apache-2.0 AND BSD-2-Clause AND BSD-3-Clause AND ISC AND MIT AND MIT-0
  • Category: Unspecified
  • Architecture: noarch
  • Source Package: snakemake
  • 3 依存関係
  • 3 提供
  • normalized package name match
  • 一致条件: Snakemake
Fedora Rawhide package metadata · dl.fedoraproject.org · Fedora Rawhide package metadata: snakemake+reports from https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/development/rawhide/Everything/x86_64/os/repodata/e5ca8ce900cd68f5419e1c39ae517343100b306336cbaeb70a3c153121d95094-primary.xml.zst

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

関連ツール

  • cbcRuntime dependency declared by Homebrew.
  • python@3.14Runtime dependency declared by Homebrew.
  • rustBuild dependency declared by Homebrew.

同じワークフロー

  • cromwellShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, workflow-management.
  • btllibShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, python, science.
  • cutadaptShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, python, science.
  • abpoaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science.
  • abricateShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science.
  • abyssShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated configuration and credential file locations
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment