インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install cutadapt

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%

sudo apt install cutadapt

Debian stable package indexes · cutadapt · ソース: deb.debian.org

概要

パッケージ概要

Removes adapter sequences from sequencing reads

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

cutadapt

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

Cutadapt is a bioinformatics command-line tool for finding and removing adapter sequences, primers, poly-A tails, and other unwanted sequence from high-throughput sequencing reads. Its documentation presents trimming as a routine cleanup step for small-RNA, amplicon, and other sequencing workflows.

プロジェクトの歴史

The project documentation says Cutadapt development began at TU Dortmund University in Prof. Sven Rahmann's group and is now developed within NBIS, the National Bioinformatics Infrastructure Sweden. The documentation copyright begins in 2010, and the changelog records early public releases starting with v0.1 in September 2010.

採用の歴史

Cutadapt became part of the standard sequencing-preprocessing toolbox because it solves a common, format-heavy cleanup problem with a scriptable CLI. The official README links to PyPI, source code, documentation, and a Galaxy platform wrapper, and its badges point to Python packaging and Bioconda distribution.

使われ方

The tool is normally used in pipelines before alignment or downstream analysis: users provide FASTQ/FASTA reads and adapter or primer patterns, then ask Cutadapt to trim, filter, modify, demultiplex, and report results. Its changelog shows long-running attention to paired-end reads, JSON reports, demultiplexing, compression speed, Python version support, and reproducible output.

パッケージ好きにとっての重要性

Cutadapt is package-manager significant because it bridges Python packaging, bioinformatics channels, and Unix CLI workflows. It is both a Python package and a command-line executable, with stable documentation, a citation, and a long changelog that makes downstream packaging and reproducibility work tractable.

タイムライン

2010: v0.1 appears in the official changelog.
2011: v1.0 released, according to the changelog.
2012: Public GitHub repository created.
2019: v2.0 released with documented backward-incompatible changes.
2024: v5.0 released with demultiplexing behavior changes and performance-related defaults.
2025: v5.2 documented in the stable changelog.

Related projects

The official README links Cutadapt to PyPI, Bioconda packaging, Galaxy's tools-iuc wrapper, and its Read the Docs documentation.

ソース

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`cutadapt`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08

マネージャ版5.2

マネージャ更新日2026-05-04

ローカルデータOK

上流not checked

検出された最新未検出

https://github.com/marcelm/cutadapt

情報No cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/marcelm/cutadapt信頼度 none

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:cutadapt
バージョン	5.2
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/cutadapt
ホームページ	https://cutadapt.readthedocs.io
リポジトリ	https://github.com/marcelm/cutadapt
上流ドキュメント	https://cutadapt.readthedocs.io/
ライセンス	MIT
ソースアーカイブ	https://github.com/marcelm/cutadapt.git
最終更新	2026-05-04T20:29:09Z
Pulse	updated
依存関係	python@3.14
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	cutadapt
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

cutadapt 4.7-2

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

https://cutadapt.readthedocs.io/

sudo apt install cutadapt

Section: science
Architecture: all
Source Package: python-cutadapt
2 依存関係
normalized package name match
一致条件: Cutadapt

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: cutadapt from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Ubuntu apt95%

cutadapt 4.4-1build2

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

https://cutadapt.readthedocs.io/

sudo apt install cutadapt

Section: universe/science
Architecture: all
Source Package: python-cutadapt
2 依存関係
normalized package name match
一致条件: Cutadapt

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: cutadapt from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/cutadapt.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

cutadapt を Homebrew, apt でインストール