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brew

adapterremoval を Homebrew, apt でインストール

adapterremoval のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install adapterremoval

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install adapterremoval

Debian stable package indexes · adapterremoval · ソース: deb.debian.org

概要

パッケージ概要

Rapid adapter trimming, identification, and read merging

コマンドとエイリアス

  • adapterremoval3

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

AdapterRemoval is a bioinformatics command-line tool for trimming adapter sequences, trimming low-quality bases, merging overlapping paired-end reads, demultiplexing barcoded reads, and producing sequencing QC reports.

プロジェクトの歴史

The README cites the original AdapterRemoval publication by Lindgreen in 2012 and the AdapterRemoval v2 paper by Schubert, Lindgreen, and Orlando in 2016. Version 3 is described as a major revision of version 2 focused on simpler defaults, more features, and higher throughput.

The GitHub repository was created in 2014 and now publishes the `adapterremoval3` command with documentation hosted on Read the Docs.

採用の歴史

AdapterRemoval became a common sequencing utility because adapter trimming and read merging are routine preprocessing steps for high-throughput sequencing FASTQ data. Its README notes precompiled binaries for Linux, macOS, and Windows, and the supplied input lists Homebrew, Debian, and Ubuntu packages.

使われ方

Users run `adapterremoval3` with input FASTQ files and an output prefix; default behavior can automatically detect adapters, trim low-quality bases, filter reads, write compressed FASTQ, and generate HTML and JSON reports.

パッケージ好きにとっての重要性

For package maintainers, AdapterRemoval is a good example of a scientific CLI where reproducibility, CPU-specific acceleration, compression libraries, and manpage/docs installation all matter. Version 3 adds SIMD acceleration and broader platform packaging concerns.

タイムライン

  • 2012: Original AdapterRemoval publication appeared in BMC Research Notes.
  • 2014: GitHub repository `MikkelSchubert/adapterremoval` was created.
  • 2016: AdapterRemoval v2 paper described rapid adapter trimming, identification, and read merging.
  • 2022: First AdapterRemoval v3 alpha release was published.
  • 2026: AdapterRemoval v3.0.0 was published.

Related projects

  • Related tools and domains include FASTQ preprocessing pipelines, adapter trimming utilities, Illumina sequencing workflows, SAM/BAM output handling, and QC report generators.

セキュリティ状態

保護ツール対応はまだ見つかっていません

adapterremoval に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、Nucleus パッケージメタデータはここに公開されています。

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
  • 2 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
  • ビルドメタデータには 4 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
adapterremoval3cliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-10
マネージャ版3.0.1
マネージャ更新日2026-07-02
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v3.0.1

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:adapterremoval
バージョン3.0.1
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/adapterremoval
ホームページhttps://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval
リポジトリhttps://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval
上流ドキュメントhttps://adapterremoval.readthedocs.io/
ライセンスGPL-3.0-or-later
ソースアーカイブhttps://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval/archive/refs/tags/v3.0.1.tar.gz
最終更新2026-07-02T12:16:02Z
Pulseupdated
依存関係isa-l, libdeflate
ビルド依存関係meson, ninja, pkgconf, sphinx-doc
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Nameadapterremoval
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

adapterremoval 2.3.4-1

rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 5 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Adapterremoval
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: adapterremoval from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

adapterremoval-examples 2.3.4-1

rapid adapter trimming, identification, and read merging (example data)

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval-examples
  • Section: science
  • Architecture: all
  • Source Package: adapterremoval
  • normalized package name match
  • 一致条件: Adapterremoval
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: adapterremoval-examples from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

adapterremoval 2.3.3-2

rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Adapterremoval
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: adapterremoval from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

adapterremoval-examples 2.3.3-2

rapid adapter trimming, identification, and read merging (example data)

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval-examples
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • Source Package: adapterremoval
  • normalized package name match
  • 一致条件: Adapterremoval
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: adapterremoval-examples from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

関連ツール

  • isa-lRuntime dependency declared by Homebrew.
  • libdeflateRuntime dependency declared by Homebrew.
  • mesonBuild dependency declared by Homebrew.
  • ninjaBuild dependency declared by Homebrew.
  • pkgconfBuild dependency declared by Homebrew.
  • sphinx-docBuild dependency declared by Homebrew.

同じワークフロー

  • fastpShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • fastq-toolsShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • rasusaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • cutadaptShares av.db curated category or tags: adapter-trimming, bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • alevin-fryShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.
  • bbtoolsShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequencing.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment