macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install bioawklocal Homebrew formula metadata
brew
bioawk を Homebrew, apt, Nix でインストール
bioawk のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install bioawkDebian stable package indexes · bioawk · ソース: deb.debian.org
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#bioawknixpkgs package indexes · pkgs/by-name/bi/bioawk/package.nix · ソース: api.github.com
概要
パッケージ概要
AWK modified for biological data
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- bioawk
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
bioawk is a small but durable bioinformatics command-line package: Brian Kernighan's awk modified to understand common genomics text formats and gzip-compressed input.
プロジェクトの歴史
The lh3/bioawk repository was created on GitHub in January 2012 and describes the project as BWK awk modified for biological data. Its README says bioawk extends Brian Kernighan's awk with BED, GFF, SAM, VCF, FASTA/FASTQ, tab-delimited headers, gzip support through zlib, and biosequence helper functions while falling back to original awk behavior when the biological extensions are not used.
採用の歴史
bioawk spread through the practical genomics command-line ecosystem rather than through a large application platform. The input package metadata lists Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix packages, which is exactly the distribution pattern expected for a small Unix filter that bioinformaticians drop into shell pipelines.
使われ方
Common uses include extracting fields from VCF or SAM, converting FASTA/FASTQ records, reverse-complementing sequences, and using `-c fastx`, `-c sam`, `-c vcf`, or `-c hdr` to make biological records feel like awk fields.
It is especially useful when the job is too small for a full Python or Perl script but too biological for plain awk.
パッケージ好きにとっての重要性
bioawk is package-nerd catnip because it is not a new workflow engine or framework; it is the old Unix text-processing model with just enough domain knowledge to remove glue code. It keeps awk's one-liner culture alive inside genomics pipelines.
タイムライン
- 2012: lh3/bioawk repository created on GitHub.
- 2012: v1.0 tag published in the repository.
- 2010s: Packaged by Unix-like distributions for bioinformatics shell workflows.
Related projects
- bioawk is directly related to BWK awk, zlib, and command-line genomics tools such as samtools, bcftools, BED/GFF utilities, and FASTA/FASTQ pipeline filters.
ソース
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
bioawk | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-07-10
マネージャ版1.0
マネージャ更新日
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v1.0
- 情報No package-manager update timestamp was available.信頼度 低
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:bioawk |
|---|---|
| バージョン | 1.0 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/bioawk |
| ホームページ | https://github.com/lh3/bioawk |
| リポジトリ | https://github.com/lh3/bioawk |
| 上流ドキュメント | https://github.com/lh3/bioawk#readme |
| ライセンス | HPND |
| ソースアーカイブ | https://github.com/lh3/bioawk/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | bioawk |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
bioawk 1.0-5
extension of awk for biological sequence analysis
sudo apt install bioawk- Section: science
- Architecture: amd64
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bioawk
Nix95%
bioawk
nix profile install nixpkgs#bioawk- normalized package name match
- 一致条件: Bioawk
Ubuntu apt95%
bioawk 1.0-4
extension of awk for biological sequence analysis
sudo apt install bioawk- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bioawk
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment