インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install bedtk

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

Simple toolset for BED files

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

bedtk

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

bedtk is Heng Li's compact command-line toolkit for BED files, focused on fast interval overlap operations with a smaller scope than bedtools.

プロジェクトの歴史

The bedtk repository was created in October 2019, with the first visible commit adding interval intersection. Its README describes a simple BED toolset implementing intersection, subtraction, sorting, merging, and breadth-of-coverage calculations.

The project is tied to the 2021 Bioinformatics article 'Bedtk: finding interval overlap with implicit interval tree,' which explains its algorithmic focus. Upstream releases reached v1.0 in April 2025 and v1.2 in August 2025.

採用の歴史

The supplied package metadata lists Homebrew packaging. Upstream positions bedtk as a narrow, performance-oriented companion rather than a complete bedtools replacement.

使われ方

bedtk is used for operations such as filtering overlapping or non-overlapping BED/VCF records, intersection without pre-sorting, coverage breadth, sorting, and merging.

パッケージ好きにとっての重要性

bedtk is notable because it comes from the lh3 bioinformatics tool lineage and deliberately keeps the surface area small. It is the kind of package a genomics CLI user installs when they care about speed and memory more than a broad command catalog.

タイムライン

2019: Repository created and initial intersection work committed.
2021: bedtk paper published in Bioinformatics.
2025: v1.0, v1.1, and v1.2 releases published.

Related projects

bedtools is explicitly named by upstream as broader and more versatile.
cgranges is linked from the README and is related to the interval-overlap implementation family.

ソース

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`bedtk`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-10

マネージャ版1.2

マネージャ更新日

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v1.2

https://github.com/lh3/bedtk

情報No package-manager update timestamp was available.信頼度低

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:bedtk
バージョン	1.2
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/bedtk
ホームページ	https://github.com/lh3/bedtk
リポジトリ	https://github.com/lh3/bedtk
上流ドキュメント	https://github.com/lh3/bedtk#readme
ライセンス	MIT
ソースアーカイブ	https://github.com/lh3/bedtk/archive/refs/tags/v1.2.tar.gz
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	bedtk
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/bedtk.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

bedtk を Homebrew でインストール