macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install bamtoolslocal Homebrew formula metadata
MacPorts確認済み · 94%
sudo port install bamtoolsMacPorts ports tree · devel/bamtools/Portfile · ソース: api.github.com
brew
bamtools を Homebrew, apt, MacPorts, Nix でインストール
bamtools のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install bamtoolsDebian stable package indexes · bamtools · ソース: deb.debian.org
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#bamtoolsnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ba/bamtools/package.nix · ソース: api.github.com
概要
パッケージ概要
C++ API and command-line toolkit for BAM data
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- bamtools
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
BamTools is a C++ API and command-line toolkit for working with BAM files, the binary alignment format used throughout high-throughput sequencing workflows. It is a packaging-significant bioinformatics utility because it provides both reusable libraries and small CLI tools for common BAM inspection and transformation jobs.
プロジェクトの歴史
The official repository history begins in April 2009 with an initial import by the BamTools maintainers. The README identifies BamTools as both a programmer's API and an end-user toolkit for BAM files and credits Derek Barnett, Erik Garrison, Gabor Marth, and Michael Stromberg in the 2009-2010 copyright notice.
The README explicitly acknowledges Heng Li's SAMtools as the original C-language BAM API and toolkit, placing BamTools in the second wave of tooling around the SAM/BAM ecosystem: a C++ library and CLI layer for developers and pipeline authors who wanted BAM manipulation without binding directly to SAMtools internals.
BamTools reached the 2.x series by 2011 and has continued to receive maintenance releases, including the 2.5.x line used by modern package managers.
採用の歴史
BamTools became a routine distribution package for bioinformatics environments: the supplied package facts list Homebrew, Debian/Ubuntu, MacPorts, and Nix packages. That adoption matters because genomics pipelines often rely on system packages for reproducible command-line utilities on shared clusters and CI images.
使われ方
The source tree builds a bamtools toolkit binary with subcommands such as convert, count, coverage, filter, header, index, merge, random, resolve, revert, sort, split, and stats. The same repository also exposes a C++ API for applications that need to read or write BAM data programmatically.
Typical users are bioinformatics developers, sequencing pipeline maintainers, and researchers doing command-line BAM file processing outside larger workflow systems.
パッケージ好きにとっての重要性
For package nerds, BamTools sits at the intersection of library packaging and scientific reproducibility. It is small enough to be a normal Unix package but domain-specific enough that ABI, zlib linkage, and command compatibility matter to downstream genomics stacks.
Its relationship to SAMtools makes it historically useful: SAMtools became the canonical C toolkit, while BamTools offered a C++-oriented alternative that distributions could ship for software expecting the BamTools API.
タイムライン
- 2009: Initial BamTools import appears in the official Git history.
- 2009-2010: README copyright credits the original BamTools authors.
- 2011: v2.0.0 is tagged, establishing the 2.x API/toolkit line.
- 2017: v2.5.1 is tagged in the long-lived 2.5 series.
- 2025: v2.5.3 is tagged as a maintenance release.
Related projects
- BamTools is directly related to SAMtools and the SAM/BAM file-format ecosystem. It is commonly adjacent to HTSlib/SAMtools-style tooling, alignment pipelines, and downstream genomics packages that consume BAM files.
ソース
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- 1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
- ビルドメタデータには 2 件のビルド依存関係があります。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
bamtools | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-07-10
マネージャ版2.5.3
マネージャ更新日2026-05-03
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v2.5.3
https://github.com/pezmaster31/bamtools
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:bamtools |
|---|---|
| バージョン | 2.5.3 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/bamtools |
| ホームページ | https://github.com/pezmaster31/bamtools |
| リポジトリ | https://github.com/pezmaster31/bamtools |
| 上流ドキュメント | https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki |
| ライセンス | MIT |
| ソースアーカイブ | https://github.com/pezmaster31/bamtools/archive/refs/tags/v2.5.3.tar.gz |
| 最終更新 | 2026-05-03T16:10:34Z |
| Pulse | updated |
| 依存関係 | jsoncpp |
| ビルド依存関係 | cmake, pkgconf |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | bamtools |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 1 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
bamtools 2.5.2+dfsg-6+b1
toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install bamtools- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: bamtools
- 5 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Debian apt95%
libbamtools-dev 2.5.2+dfsg-6+b1
C++ API for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install libbamtools-dev- Section: libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: bamtools
- 2 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Debian apt95%
libbamtools-doc 2.5.2+dfsg-6
docs for dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install libbamtools-doc- Section: doc
- Architecture: all
- Source Package: bamtools
- 1 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Debian apt95%
libbamtools2.5.2 2.5.2+dfsg-6+b1
dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install libbamtools2.5.2- Section: libs
- Architecture: amd64
- Source Package: bamtools
- 4 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Nix95%
bamtools
nix profile install nixpkgs#bamtools- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Ubuntu apt95%
bamtools 2.5.2+dfsg-4
toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install bamtools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Ubuntu apt95%
libbamtools-dev 2.5.2+dfsg-4
C++ API for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install libbamtools-dev- Section: universe/libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: bamtools
- 2 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Ubuntu apt95%
libbamtools-doc 2.5.2+dfsg-4
docs for dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install libbamtools-doc- Section: universe/doc
- Architecture: all
- Source Package: bamtools
- 1 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
Ubuntu apt95%
libbamtools2.5.2 2.5.2+dfsg-4
dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki
sudo apt install libbamtools2.5.2- Section: universe/libs
- Architecture: amd64
- Source Package: bamtools
- 4 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
MacPorts95%
bamtools
sudo port install bamtools- normalized package name match
- 一致条件: Bamtools
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment