インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install minigraph

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

Proof-of-concept seq-to-graph mapper and graph generator

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

minigraph

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

minigraph is Heng Li's sequence-to-graph mapper and pangenome graph generator. The GitHub project describes it as a tool that aligns query sequences against a sequence graph and incrementally augments that graph with long divergent subsequences; the project documentation also notes that a significant portion of the source derives from minimap2, Li's pairwise nucleotide aligner.

プロジェクトの歴史

The tool sits in the pangenome era of bioinformatics, where multiple high-quality assemblies are represented as a graph rather than flattened into one linear reference. The 2020 Genome Biology paper by Li, Feng, and Chu introduced the design and construction of reference pangenome graphs with minigraph, including a graph-based data model and formats intended to preserve coordinates against a linear reference. The command-line workflow maps sequences to sequences or graphs, emits PAF/GAF-style mappings, builds rGFA graphs from reference and sample assemblies, and can feed structural-variation extraction through gfatools.

使われ方

Its adoption history is tied to pangenome-reference research rather than general-purpose package use. Later Minigraph-Cactus work used minigraph to construct a structural-variation graph from input assemblies before Cactus refined it into richer pangenome graph outputs, and that pipeline demonstrated scaling to 90 human haplotypes from the Human Pangenome Reference Consortium. In package managers, minigraph is a specialist bioinformatics CLI for researchers building or testing genome graphs, often alongside minimap2, gfatools, vg, Cactus, and Bioconda-style scientific software stacks.

ソース

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`minigraph`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08

マネージャ版0.21

マネージャ更新日

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v0.21

https://github.com/lh3/minigraph

情報No package-manager update timestamp was available.信頼度低

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:minigraph
バージョン	0.21
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/minigraph
ホームページ	https://lh3.github.io/minigraph
リポジトリ	https://github.com/lh3/minigraph
上流ドキュメント	https://github.com/lh3/minigraph#readme
ライセンス	MIT
ソースアーカイブ	https://github.com/lh3/minigraph/archive/refs/tags/v0.21.tar.gz
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	minigraph
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/minigraph.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

minigraph を Homebrew でインストール