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brew

gffread を Homebrew, apt でインストール

gffread のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install gffread

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install gffread

Debian stable package indexes · gffread · ソース: deb.debian.org

概要

パッケージ概要

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

コマンドとエイリアス

  • gffread

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

GffRead is a C++ command-line utility for reading, validating, converting, filtering, and extracting sequence data from GFF and GTF genome annotation files. Its history is closely linked to the StringTie/Cufflinks transcript-assembly ecosystem and to the practical need for robust interchange between GTF2 and GFF3.

プロジェクトの歴史

The Johns Hopkins Center for Computational Biology documents GffRead as part of its GFF utilities page, alongside GffCompare. The repository describes it as a GFF/GTF utility and points users to the 2020 F1000Research paper by Geo Pertea and Mihaela Pertea for usage examples and citation.

採用の歴史

GTF and GFF are common bioinformatics exchange formats for genes, transcripts, exons, and coding regions. GffRead gained significance because it uses parser code shared with Cufflinks, StringTie, and GffCompare, allowing researchers to test whether an annotation file will be interpreted by that tool family.

使われ方

Practitioners run GffRead to clean and inspect annotation files, convert GTF2 to GFF3 or GFF3 to GTF2, expose parser warnings, discard non-essential attributes, and extract transcript FASTA sequences from a genome FASTA plus annotation file. FASTA index files generated by samtools can speed sequence extraction.

パッケージ好きにとっての重要性

GffRead is the sort of bioinformatics CLI that package managers keep close to workflow engines: small enough to install as a standalone binary, but important enough to sit inside larger RNA-seq and genome-annotation pipelines.

タイムライン

  • 2020: The GFF Utilities paper described GffRead and GffCompare in F1000Research.
  • 2020: Johns Hopkins publication metadata listed the software as open source under the MIT license.
  • 2026: The project repository and Bioconda metadata listed v0.12.9 packages.

Related projects

  • GffRead is related to GffCompare, StringTie, Cufflinks, samtools, GTF2, and GFF3 tooling.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
gffreadcliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08
マネージャ版0.12.9
マネージャ更新日2026-04-10
ローカルデータOK
上流not checked
検出された最新未検出

https://github.com/gpertea/gffread

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:gffread
バージョン0.12.9
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/gffread
ホームページhttps://github.com/gpertea/gffread
リポジトリhttps://github.com/gpertea/gffread
上流ドキュメントhttp://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml
ライセンスMIT
ソースアーカイブhttps://github.com/gpertea/gffread/releases/download/v0.12.9/gffread-0.12.9.tar.gz
最終更新2026-04-10T21:12:05Z
Pulseupdated
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namegffread
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

gffread 0.12.7-8

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml

sudo apt install gffread
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Gffread
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: gffread from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

gffread 0.12.7-4build1

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml

sudo apt install gffread
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Gffread
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: gffread from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

同じワークフロー

  • abricateShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • minigraphShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • stringtieShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • tabixppShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • vcfannoShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • vcflibShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment