インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install sylph

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

Ultrafast taxonomic profiling and genome querying for metagenomic samples

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

sylph

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

sylph is a Rust command-line tool for fast metagenomic profiling and containment average nucleotide identity querying from shotgun sequencing samples. It is packaged for scientists who want a small executable that can query or profile large genome databases quickly from the shell.

プロジェクトの歴史

The official documentation describes sylph as a program for metagenomic profiling and containment ANI querying. Its core method uses k-mer containment with a statistical technique for low-coverage genomes, and the documentation cites the 2024 Nature Biotechnology paper by Jim Shaw and Yun William Yu.

採用の歴史

The upstream README and documentation document installation through Bioconda, source builds with Rust/Cargo, and prebuilt x86-64 Linux binaries; the input package facts show Homebrew packaging as well. That mix reflects a bioinformatics CLI moving through both scientific package channels and general-purpose developer package managers.

使われ方

Common usage is to run sylph profile against a prebuilt or custom database, such as GTDB, with paired-end or single-end FASTQ files, or to run ANI querying to test whether a sample contains a genome related to a queried reference. The docs emphasize fast multi-sample profiling, custom databases, prebuilt databases, and support for short or long reads.

パッケージ好きにとっての重要性

Package nerds care because sylph is a modern scientific CLI distributed as a Rust binary: it needs reproducible installation, large external databases, predictable CPU/RAM behavior, and channels such as Bioconda and Homebrew to reach different user communities.

タイムライン

2024: Official documentation cites the sylph Nature Biotechnology paper by Jim Shaw and Yun William Yu.
Current README era: The GitHub README says all documentation moved to sylph-docs.github.io.
Homebrew packaging: The input package facts identify sylph as a Homebrew formula exposing the sylph executable.

Related projects

Related tools and references named by the official docs include Kraken, MetaPhlAn, mOTUs, GTDB databases, Bioconda, Rust/Cargo, and sylph-tax.

ソース

https://github.com/bluenote-1577/sylph
https://github.com/bluenote-1577/sylph/blob/main/README.md
https://sylph-docs.github.io/
source_facts.executables
source_facts.package-manager

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
ビルドメタデータには 2 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`sylph`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08

マネージャ版0.9.0

マネージャ更新日

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v0.9.0

https://github.com/bluenote-1577/sylph

情報No package-manager update timestamp was available.信頼度低

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:sylph
バージョン	0.9.0
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/sylph
ホームページ	https://github.com/bluenote-1577/sylph
リポジトリ	https://github.com/bluenote-1577/sylph
上流ドキュメント	https://github.com/bluenote-1577/sylph/blob/main/README.md
ライセンス	MIT
ソースアーカイブ	https://github.com/bluenote-1577/sylph/archive/refs/tags/v0.9.0.tar.gz
ビルド依存関係	cmake, rust
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	sylph
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/sylph.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

sylph を Homebrew でインストール