macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install mmseqs2local Homebrew formula metadata
brew
mmseqs2 を Homebrew, apt, Nix でインストール
mmseqs2 のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install mmseqs2Debian stable package indexes · mmseqs2 · ソース: deb.debian.org
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#mmseqs2nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/mm/mmseqs2/package.nix · ソース: api.github.com
概要
パッケージ概要
Software suite for very fast sequence search and clustering
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- mmseqs
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
MMseqs2, short for Many-against-Many sequence searching, is a bioinformatics suite from Martin Steinegger, Johannes Soding, and collaborators for searching and clustering very large protein and nucleotide sequence sets. The project README describes it as open-source C++ software for Linux, macOS, and Windows via Cygwin, built for multicore and multi-server scalability. Its 2017 Nature Biotechnology paper introduced MMseqs2 as a sensitive protein sequence search tool for massive datasets, and the project documentation frames it as much faster than BLAST while preserving high sensitivity at practical search settings.
プロジェクトの歴史
Its major technical milestones followed the growth of public sequence databases. The 2018 Nature Communications Linclust paper integrated a linear-time clustering workflow into MMseqs2, demonstrating clustering of 1.6 billion metagenomic protein fragments in 10 hours on a single server and showing why quadratic or near-quadratic approaches such as CD-HIT and UCLUST struggled at that scale. A 2019 Bioinformatics paper expanded the ecosystem with an MMseqs2 desktop and local web-server app for interactive searches through custom protein sequence and profile databases, reducing query overhead and exposing MMseqs2 to users outside command-line-only workflows.
使われ方
In practice, users run the `mmseqs` executable as a suite of modules and workflows: creating MMseqs2 databases from FASTA or FASTQ, running `easy-search` for sequence search, `easy-cluster` for cascaded clustering, `easy-linclust` for larger datasets, converting alignment results, and using GPU-backed search modes where available. Its package-manager niche is scientific computing rather than general CLI tooling: Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix packages make a research-grade sequence analysis engine available to workstation and server users without building the full C++ stack by hand.
ソース
セキュリティ状態
リスクレベル: orange
infrastructure mutation or orchestration signal.
リスク分類器
リスク orange · 信頼度 中 · infrastructure
理由
- infrastructure mutation or orchestration signal
信号
- text:cluster
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- 2 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
- ビルドメタデータには 1 件のビルド依存関係があります。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
mmseqs | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-07-10
マネージャ版18-8cc5c
マネージャ更新日
ローカルデータOK
上流not checked
検出された最新未検出
https://github.com/soedinglab/MMseqs2
- 情報No package-manager update timestamp was available.信頼度 低
- 情報No cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/soedinglab/MMseqs2信頼度 none
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:mmseqs2 |
|---|---|
| バージョン | 18-8cc5c |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/mmseqs2 |
| ホームページ | https://mmseqs.com/ |
| リポジトリ | https://github.com/soedinglab/MMseqs2 |
| 上流ドキュメント | https://github.com/soedinglab/MMseqs2/blob/master/README.md |
| ライセンス | MIT |
| ソースアーカイブ | https://github.com/soedinglab/MMseqs2/archive/refs/tags/18-8cc5c.tar.gz |
| 依存関係 | libomp, wget |
| ビルド依存関係 | cmake |
| macOS 提供ライブラリ | bzip2 |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | mmseqs2 |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
mmseqs2 15-6f452+ds-2+b3
ultra fast and sensitive protein search and clustering
https://github.com/soedinglab/MMseqs2
sudo apt install mmseqs2- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: mmseqs2
- 8 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Mmseqs2
Debian apt95%
mmseqs2-examples 15-6f452+ds-2
optional resources for the mmseqs2 package
https://github.com/soedinglab/MMseqs2
sudo apt install mmseqs2-examples- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: mmseqs2
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Mmseqs2
Nix95%
mmseqs2
nix profile install nixpkgs#mmseqs2- normalized package name match
- 一致条件: Mmseqs2
Ubuntu apt95%
mmseqs2 15-6f452+ds-2
ultra fast and sensitive protein search and clustering
https://github.com/soedinglab/MMseqs2
sudo apt install mmseqs2- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 8 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Mmseqs2
Ubuntu apt95%
mmseqs2-examples 15-6f452+ds-2
optional resources for the mmseqs2 package
https://github.com/soedinglab/MMseqs2
sudo apt install mmseqs2-examples- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: mmseqs2
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Mmseqs2
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment