インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install fastk

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

K-mer counter for high-fidelity shotgun datasets

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

FastK
Fastcat
Fastcp
Fastmerge
Fastmv
Fastrm
Haplex
Histex
Homex
KmerMap
Logex
Profex
Symmex
Tabex
Vennex

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

FastK is Gene Myers' k-mer counter for high-quality shotgun sequencing data, especially Illumina and PacBio HiFi datasets. It is packaged as a command-line scientific tool rather than a general developer utility.

プロジェクトの歴史

The README identifies Gene Myers as author, gives July 22, 2020 as the first date, and documents FastK as a k-mer counter optimized for high-quality assembly datasets. Its command suite includes FastK itself plus utilities for moving, merging, concatenating, inspecting, and mapping FastK output files.

採用の歴史

FastK's public footprint is niche and bioinformatics-specific. Its adoption signal is strongest in packaging and genomics workflows that need efficient k-mer histograms, tables, and profiles for large sequencing data rather than in broad developer communities.

使われ方

FastK consumes CRAM, BAM, SAM, FASTA, FASTQ, gzip-compressed sequence files, and Dazzler databases, producing histograms, sorted k-mer/count tables, and optional sequence profiles. The README emphasizes low-memory operation, temporary disk usage, multithreading, and HPC workflows such as splitting data and merging tables.

パッケージ好きにとっての重要性

For package nerds, FastK is interesting because it is a domain-heavy command suite where filesystem layout is part of the interface: stub files, hidden sidecar files, table/profile extensions, and companion commands such as Fastrm and Fastmerge all have to be packaged together correctly.

タイムライン

2020: README records the first FastK date as July 22, 2020.
2020: GitHub repository created on October 19, 2020.
2021: README current date records April 18, 2021.

Related projects

KMC3 is named in the README as a performance comparison point.
DAZZ_DB is supported as an input format.
merfin is named as a downstream use case for relative k-mer profiles.

ソース

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲
`FastK`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Fastcat`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Fastcp`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Fastmerge`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Fastmv`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Fastrm`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Haplex`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Histex`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Homex`	cli	グローバル実行可能ファイル
`KmerMap`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Logex`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Profex`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Symmex`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Tabex`	cli	グローバル実行可能ファイル
`Vennex`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08

マネージャ版1.2

マネージャ更新日

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v1.2

https://github.com/thegenemyers/FASTK

情報No package-manager update timestamp was available.信頼度低

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:fastk
バージョン	1.2
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/fastk
ホームページ	https://github.com/thegenemyers/FASTK
リポジトリ	https://github.com/thegenemyers/FASTK
上流ドキュメント	https://github.com/thegenemyers/FASTK#readme
ライセンス	BSD-3-Clause AND (MIT AND BSD-3-Clause) AND MIT
ソースアーカイブ	https://github.com/thegenemyers/FASTK/archive/refs/tags/v1.2.tar.gz
依存関係	xz
macOS 提供ライブラリ	bzip2, curl
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	fastk
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/fastk.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

fastk を Homebrew でインストール