インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install kalign

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%

sudo apt install kalign

Debian stable package indexes · kalign · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%

nix profile install nixpkgs#kalign

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ka/kalign/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

Fast multiple sequence alignment program for biological sequences

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

kalign

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

Kalign is a fast multiple-sequence-alignment program for protein, DNA, and RNA sequences, distributed as a command-line bioinformatics tool.

プロジェクトの歴史

Timo Lassmann and Erik Sonnhammer published the original Kalign method in BMC Bioinformatics on 2005-12-12. The paper described a Wu-Manber-based progressive alignment method intended to improve both speed and accuracy for large comparative-genomics workloads.

採用の歴史

Kalign remained in the bioinformatics toolchain because multiple sequence alignment is a routine upstream step for homology, conserved-motif, phylogeny, and structure-oriented analyses. Kalign 3, published in Bioinformatics in 2019, was presented as a complete rewrite to handle larger protein and nucleotide sequence sets, using SIMD-accelerated distance estimation and fast guide-tree construction.

使われ方

Users run kalign on FASTA-like biological sequence inputs to produce multiple alignments. The modern README describes progressive alignment with multi-threading support, source builds with CMake, and alternatives such as Zig builds and Python packaging.

パッケージ好きにとっての重要性

Kalign is a classic science CLI package: a published algorithm wrapped in a small executable, useful in scripts and pipelines, with package-manager availability making a cited method reproducible without hand-building a lab-specific binary.

タイムライン

2005-12-12: Original Kalign paper published in BMC Bioinformatics.
2019-10-26: Kalign 3 paper published in Bioinformatics.
2019-10-28: GitHub release 3.1 published.
2020-11-06: v3.3 release added multi-threading.
2026-02-27: Kalign 3.5.1 published.

Related projects

Related multiple-sequence-alignment tools include ClustalW, MAFFT, MUSCLE, T-Coffee, and other progressive or consistency-based MSA programs.

ソース

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
ビルドメタデータには 1 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`kalign`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08

マネージャ版3.5.1

マネージャ更新日

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v3.5.1

https://github.com/TimoLassmann/kalign

情報No package-manager update timestamp was available.信頼度低

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:kalign
バージョン	3.5.1
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/kalign
ホームページ	https://github.com/TimoLassmann/kalign
リポジトリ	https://github.com/TimoLassmann/kalign
上流ドキュメント	https://github.com/TimoLassmann/kalign#readme
ライセンス	Apache-2.0
ソースアーカイブ	https://github.com/TimoLassmann/kalign/archive/refs/tags/v3.5.1.tar.gz
依存関係	libomp
ビルド依存関係	cmake
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	kalign
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

kalign 1:3.4.0-1+b3

Global and progressive multiple sequence alignment

https://msa.sbc.su.se/

sudo apt install kalign

Section: science
Architecture: amd64
Source Package: kalign
2 依存関係
normalized package name match
一致条件: Kalign

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: kalign from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

kalign

nix profile install nixpkgs#kalign

normalized package name match
一致条件: Kalign

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/ka/kalign/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

kalign 1:3.3.5-1

Global and progressive multiple sequence alignment

https://msa.sbc.su.se/

sudo apt install kalign

Section: universe/science
Architecture: amd64
2 依存関係
normalized package name match
一致条件: Kalign

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: kalign from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/kalign.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

kalign を Homebrew, apt, Nix でインストール