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brew

diamond を Homebrew, Nix でインストール

diamond のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install diamond

local Homebrew formula metadata

Linux

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#diamond

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/di/diamond/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

Accelerated BLAST compatible local sequence aligner

コマンドとエイリアス

  • diamond

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

DIAMOND is a high-performance sequence aligner for protein and translated DNA searches, positioned as a BLAST-compatible tool for large biological datasets.

プロジェクトの歴史

The README says the initial version was developed by Benjamin J. Buchfink at the Huson lab, University of Tuebingen, from 2013 to 2015. Later development continued independently, with support from an EXIST grant in 2018-2019 and the Max Planck Institute for Biology Tuebingen from 2019 to 2024.

採用の歴史

DIAMOND's adoption is tied to its promise of much faster BLAST-like protein and translated DNA alignment. The README highlights 100x to 10,000x BLAST speed, low resource requirements, downloads from GitHub releases, Bioconda availability, Galaxy integration, and citation badges.

使われ方

Package users install DIAMOND when they need command-line database creation, protein search, translated DNA search, sequence clustering, taxonomic classification, or BLAST-style tabular, pairwise, and XML outputs.

パッケージ好きにとっての重要性

DIAMOND is significant because it is a research-grade bioinformatics workhorse that also behaves like a normal packaged CLI. That combination makes it common in reproducible pipelines, containers, Conda environments, Homebrew installs, and HPC workflows.

タイムライン

  • 2013-2015: Initial version developed at the Huson lab, University of Tuebingen.
  • 2015: Original DIAMOND publication cited in the README.
  • 2021: Sensitive protein alignments at tree-of-life scale publication cited in the README.
  • 2026: v2.2.2 release published on GitHub.

Related projects

  • The README frames DIAMOND as BLAST-compatible and links it to Bioconda and the European Galaxy server for workflow use.

セキュリティ状態

保護ツール対応はまだ見つかっていません

diamond に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、Nucleus パッケージメタデータはここに公開されています。

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
  • ビルドメタデータには 1 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
diamondcliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08
マネージャ版2.2.3
マネージャ更新日2026-07-07
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v2.2.3

https://github.com/bbuchfink/diamond

  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:diamond
バージョン2.2.3
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/diamond
ホームページhttps://github.com/bbuchfink/diamond
リポジトリhttps://github.com/bbuchfink/diamond
上流ドキュメントhttps://bbuchfink.github.io/diamond
ライセンスGPL-3.0-or-later
ソースアーカイブhttps://github.com/bbuchfink/diamond/archive/refs/tags/v2.2.3.tar.gz
最終更新2026-07-07T12:34:31Z
Pulseupdated
ビルド依存関係cmake
macOS 提供ライブラリsqlite
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namediamond
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Nix95%

diamond

nix profile install nixpkgs#diamond
  • normalized package name match
  • 一致条件: Diamond
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/di/diamond/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

関連ツール

  • cmakeBuild dependency declared by Homebrew.
  • proteinorthoPopular package that depends on this formula.

同じワークフロー

  • abpoaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • mafftShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • minimap2Shares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • blastShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • bwaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.
  • hmmerShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-alignment.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment