installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install snakemake

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install snakemake

Debian stable package indexes · snakemake · Source: deb.debian.org

Fedora dnfvérifié · 92%

sudo dnf install snakemake

Fedora Rawhide package metadata · snakemake · Source: dl.fedoraproject.org

Nixvérifié · 92%

nix profile install nixpkgs#snakemake

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

Pythonic workflow system

Liens du projet

Commandes et alias

snakemake

historique

Historique du projet et usages

Snakemake is a Python-based workflow management system for reproducible and scalable data analyses, especially common in bioinformatics and scientific computing.

Historique du projet

The official citation page identifies the initial Snakemake publication as a 2012 Bioinformatics article, followed by a 2021 rolling paper for ongoing feature updates. The official GitHub README describes Snakemake workflows as human-readable, Python-based definitions that scale from local machines to server, cluster, grid, and cloud environments.

Historique d'adoption

The official README reports that Snakemake was receiving more than seven new citations per week in 2021 and had almost 400k downloads at that time. The supplied metadata shows distribution through Homebrew, Debian, Ubuntu, Fedora/DNF, and Nix.

Modes d'utilisation

Users describe workflows in Snakefiles, define rules, inputs, outputs, and software environments, and run snakemake to build requested targets. The official deployment docs recommend a repository layout with workflow code under workflow/ and configuration under config/, including config/config.yaml examples.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Snakemake is significant for package maintainers because it bridges language-level workflow definitions, reproducible software deployment, Conda/container integration, and distribution through multiple OS package managers.

Chronologie

2012: Initial Snakemake paper published in Bioinformatics.
2019: Current official GitHub repository created.
2021: Sustainable data analysis with Snakemake rolling paper published.
2024: Snakemake 8 release line decomposes functionality into plugins.
2026: Stable documentation tracks Snakemake 9.x.

Related projects

Snakemake workflow catalog
Snakemake wrappers
Snakemake executor plugins
Conda
Apptainer

Sources

posture de sécurité

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour snakemake. Les métadonnées de paquet Nucleus restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
S’installe avec 6 dépendances d’exécution.
Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

local files

Configuration and credential file locations

These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.

Configuration files

Config paths the tool may read or write during local use.

Unix: config/config.yaml

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`snakemake`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-26

version du gestionnaire9.23.1

gestionnaire mis à jour2026-07-25

données localesOK

amontnot checked

dernière version détectéenon détecté

https://snakemake.readthedocs.io/

infoRelease/tag comparison is only available for GitHub repositories.https://snakemake.readthedocs.io/confiance none

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:snakemake
Version	9.23.1
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/snakemake
Page d'accueil	https://snakemake.readthedocs.io/
Dépôt	https://github.com/snakemake/snakemake
Docs amont	https://snakemake.readthedocs.io/en/stable
Licence	MIT
Archive source	https://files.pythonhosted.org/packages/9e/c2/45aa858e55edbb7dbc243ed60859f4f3d92d63ecdd67a80632aa3659fe6b/snakemake-9.23.1.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-07-25T10:55:01Z
Pulse	updated
Dépendances	cbc, certifi, libyaml, pydantic, python@3.14, rpds-py
Dépendances de compilation	rust
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	snakemake
Version Scheme	0
Revision	2
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

snakemake 7.32.4-7

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake

Section: science
Architecture: all
28 Dépendances
17 dépendances optionnelles
normalized package name match
Correspondance par : Snakemake

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Debian apt95%

snakemake-doc 7.32.4-7

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc

Section: doc
Architecture: all
Source Package: snakemake
4 Dépendances
1 dépendances optionnelles
normalized package name match
Correspondance par : Snakemake

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

snakemake

nix profile install nixpkgs#snakemake

normalized package name match
Correspondance par : Snakemake

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

snakemake 7.32.4-2

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake

Section: universe/science
Architecture: all
29 Dépendances
17 dépendances optionnelles
normalized package name match
Correspondance par : Snakemake

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Ubuntu apt95%

snakemake-doc 7.32.4-2

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc

Section: universe/doc
Architecture: all
Source Package: snakemake
4 Dépendances
1 dépendances optionnelles
normalized package name match
Correspondance par : Snakemake

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

dnf95%

snakemake 9.21.1-3.fc45~bootstrap

Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/index.html

sudo dnf install snakemake

License: Apache-2.0 AND BSD-2-Clause AND BSD-3-Clause AND ISC AND MIT AND MIT-0
Category: Unspecified
Architecture: noarch
Source Package: snakemake
5 Dépendances
5 fournit
normalized package name match
Correspondance par : Snakemake

Fedora Rawhide package metadata · dl.fedoraproject.org · Fedora Rawhide package metadata: snakemake from https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/development/rawhide/Everything/x86_64/os/repodata/e5ca8ce900cd68f5419e1c39ae517343100b306336cbaeb70a3c153121d95094-primary.xml.zst

dnf95%

snakemake+reports 9.21.1-3.fc45~bootstrap

Metapackage for snakemake: reports extras

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/index.html

sudo dnf install snakemake+reports

License: Apache-2.0 AND BSD-2-Clause AND BSD-3-Clause AND ISC AND MIT AND MIT-0
Category: Unspecified
Architecture: noarch
Source Package: snakemake
3 Dépendances
3 fournit
normalized package name match
Correspondance par : Snakemake

Fedora Rawhide package metadata · dl.fedoraproject.org · Fedora Rawhide package metadata: snakemake+reports from https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/development/rawhide/Everything/x86_64/os/repodata/e5ca8ce900cd68f5419e1c39ae517343100b306336cbaeb70a3c153121d95094-primary.xml.zst

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/snakemake.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated configuration and credential file locations
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer snakemake avec Homebrew, apt, dnf, Nix

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Linux

Résumé du paquet

Liens du projet

Commandes et alias

Historique du projet et usages

Historique du projet

Historique d'adoption

Modes d'utilisation

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Chronologie

Related projects

Sources

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Comportement d'installation

Revue recommandée

Configuration and credential file locations

Configuration files

Exécutables installés

Version et fraîcheur

Métadonnées du paquet

Détails de la base source

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Liens internes de paquets

Hubs thématiques

Outils liés

Même workflow

Guides de sécurité des agents

Généré depuis les données du dépôt

Combined YAML source

Sources utilisées