installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install cutadapt

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install cutadapt

Debian stable package indexes · cutadapt · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

Removes adapter sequences from sequencing reads

Liens du projet

Commandes et alias

cutadapt

historique

Historique du projet et usages

Cutadapt is a bioinformatics command-line tool for finding and removing adapter sequences, primers, poly-A tails, and other unwanted sequence from high-throughput sequencing reads. Its documentation presents trimming as a routine cleanup step for small-RNA, amplicon, and other sequencing workflows.

Historique du projet

The project documentation says Cutadapt development began at TU Dortmund University in Prof. Sven Rahmann's group and is now developed within NBIS, the National Bioinformatics Infrastructure Sweden. The documentation copyright begins in 2010, and the changelog records early public releases starting with v0.1 in September 2010.

Historique d'adoption

Cutadapt became part of the standard sequencing-preprocessing toolbox because it solves a common, format-heavy cleanup problem with a scriptable CLI. The official README links to PyPI, source code, documentation, and a Galaxy platform wrapper, and its badges point to Python packaging and Bioconda distribution.

Modes d'utilisation

The tool is normally used in pipelines before alignment or downstream analysis: users provide FASTQ/FASTA reads and adapter or primer patterns, then ask Cutadapt to trim, filter, modify, demultiplex, and report results. Its changelog shows long-running attention to paired-end reads, JSON reports, demultiplexing, compression speed, Python version support, and reproducible output.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Cutadapt is package-manager significant because it bridges Python packaging, bioinformatics channels, and Unix CLI workflows. It is both a Python package and a command-line executable, with stable documentation, a citation, and a long changelog that makes downstream packaging and reproducibility work tractable.

Chronologie

2010: v0.1 appears in the official changelog.
2011: v1.0 released, according to the changelog.
2012: Public GitHub repository created.
2019: v2.0 released with documented backward-incompatible changes.
2024: v5.0 released with demultiplexing behavior changes and performance-related defaults.
2025: v5.2 documented in the stable changelog.

Related projects

The official README links Cutadapt to PyPI, Bioconda packaging, Galaxy's tools-iuc wrapper, and its Read the Docs documentation.

Sources

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
S’installe avec 1 dépendances d’exécution.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`cutadapt`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08

version du gestionnaire5.2

gestionnaire mis à jour2026-05-04

données localesOK

amontnot checked

dernière version détectéenon détecté

https://github.com/marcelm/cutadapt

infoNo cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/marcelm/cutadaptconfiance none

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:cutadapt
Version	5.2
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/cutadapt
Page d'accueil	https://cutadapt.readthedocs.io
Dépôt	https://github.com/marcelm/cutadapt
Docs amont	https://cutadapt.readthedocs.io/
Licence	MIT
Archive source	https://github.com/marcelm/cutadapt.git
Dernière mise à jour	2026-05-04T20:29:09Z
Pulse	updated
Dépendances	python@3.14
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	cutadapt
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

cutadapt 4.7-2

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

https://cutadapt.readthedocs.io/

sudo apt install cutadapt

Section: science
Architecture: all
Source Package: python-cutadapt
2 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Cutadapt

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: cutadapt from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Ubuntu apt95%

cutadapt 4.4-1build2

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

https://cutadapt.readthedocs.io/

sudo apt install cutadapt

Section: universe/science
Architecture: all
Source Package: python-cutadapt
2 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Cutadapt

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: cutadapt from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/cutadapt.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer cutadapt avec Homebrew, apt