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Commandes d'installation supplémentaires

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Homebrewvérifié · 100%

brew install abricate

local Homebrew formula metadata

aperçu

Résumé du paquet

Find antimicrobial resistance and virulence genes in contigs

Liens du projet

Commandes et alias

abricate
abricate-get_db

historique

Historique du projet et usages

ABRicate is a Perl command-line tool for mass screening assembled contigs against antimicrobial-resistance and virulence-gene databases. It matters to package maintainers because it wraps BLAST+, database setup, and summary reporting into a familiar Unix bioinformatics command.

Historique du projet

The first GitHub release, v0.1, was published as 'Debut' on April 2, 2015. The README describes the project as mass screening of contigs for antimicrobial resistance or virulence genes and explains that the name combines the common acronym ABR, for antibiotic resistance, with an English-verb-like form.

Historique d'adoption

ABRicate became useful in workflow packaging because the README documents Bioconda installation, source installation, dependency checks, database setup, and operation through a single abricate command. The current Homebrew input metadata shows it packaged for Homebrew, while upstream also advertises Bioconda download badges.

Modes d'utilisation

The tool screens assemblies, not raw FASTQ reads, and reports gene hits with coverage, identity, database, accession, product, and resistance fields. It can process many files, read a file-of-filenames, summarize reports into a presence/absence matrix, update bundled databases, and build custom nucleotide databases.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

ABRicate is a classic bioinformatics packaging target: a Perl entry point with external command dependencies, bundled or downloadable reference databases, and a check/setup workflow that packagers and workflow engines can exercise after install. Its release history also tracks database refreshes and CI migration.

Chronologie

2015: v0.1 Debut release.
2020: v1.0.0 added file-of-filenames scanning, defaults around coverage/identity thresholds, MEGARES docs, and NCBI/CARD database support.
2025: v1.2.0 refreshed databases, moved CI to GitHub Actions, switched download code to Perl File::Fetch, and improved docs.
2026: v1.4.0 added a UPEC/ExPEC virulence-factors database and updated NCBI AMR data.

Related projects

The README points users to ARIBA, ResFinder, RGI, SRST2, and AMRFinderPlus when ABRicate is not the right fit. It also bundles or references databases including NCBI AMRFinderPlus, CARD, ResFinder, ARG-ANNOT, MEGARES, PlasmidFinder, VFDB, VICTORS, BacMet, and UPEC/ExPEC VF.

Sources

https://github.com/tseemann/abricate#readme
https://github.com/tseemann/abricate/releases
input source_facts.package-manager

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Homebrew déclare un hook post-install pour cette formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
S’installe avec 3 dépendances d’exécution.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`abricate`	cli	exécutable global
`abricate-get_db`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-10

version du gestionnaire1.4.0

gestionnaire mis à jour2026-06-22

données localesOK

amontà jour

dernière version détectéev1.4.0

https://github.com/tseemann/abricate

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:abricate
Version	1.4.0
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/abricate
Page d'accueil	https://github.com/tseemann/abricate
Dépôt	https://github.com/tseemann/abricate
Docs amont	https://github.com/tseemann/abricate#readme
Licence	GPL-2.0-only
Archive source	https://github.com/tseemann/abricate/archive/refs/tags/v1.4.0.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-06-22T14:02:40-07:00
Pulse	updated
Dépendances	any2fasta, bioperl, blast
Bibliothèques fournies par macOS	perl, unzip
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	abricate
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/abricate.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer abricate avec Homebrew