installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install abpoa

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install abpoa

Debian stable package indexes · abpoa · Source: deb.debian.org

Nixvérifié · 92%

nix profile install nixpkgs#abpoa

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ab/abpoa/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

SIMD-based C library for fast partial order alignment using adaptive band

Liens du projet

Commandes et alias

abpoa

historique

Historique du projet et usages

abPOA is a C library and command-line tool for adaptive-banded partial-order alignment, multiple sequence alignment, and consensus generation. Package maintainers care about it because it exposes a performance-sensitive bioinformatics primitive as a small buildable C package with command-line, conda, Homebrew, and Python-facing usage.

Historique du projet

The first GitHub release, v1.0.0, was published on April 15, 2020. The project was described in Bioinformatics later in 2020 as an SIMD-based C library for fast partial order alignment using adaptive banding, and the upstream README presents it as an extended version of partial-order alignment with adaptive banded dynamic programming and SIMD implementation.

Historique d'adoption

The README documents installation via conda and Homebrew, source builds, prebuilt Linux and macOS binaries, and a pyabpoa Python package. The input metadata also shows distribution packaging in Homebrew, Debian, Nix, and Ubuntu, which is typical for bioinformatics tools that need both reproducible workflows and local command-line execution.

Modes d'utilisation

abPOA accepts FASTA, FASTQ, and gzip-compressed FASTA/FASTQ input, performs sequence-to-graph alignment, emits consensus FASTA by default, and can also emit row-column MSA, GFA graph output, amino-acid consensus, and graph plots. The README documents global, local, and extension alignment modes plus linear, affine, and convex gap penalties.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

The package is significant because it turns a common long-read consensus and MSA building block into a portable SIMD-aware command-line dependency. Its release notes continue to mention packaging-facing work such as pyproject.toml for pyabpoa and SIMD dispatch.

Chronologie

2020: First public GitHub release v1.0.0.
2020: Bioinformatics article published for abPOA.
2025: v1.5.4 added SIMD dispatch and Python 3.13 installation fixes.
2026: v1.5.6 added easier incremental MSA and pyproject.toml for pyabpoa.

Related projects

The README explicitly frames abPOA as an extension of partial-order alignment and references heaviest bundling for consensus generation. It also ships pyabpoa for Python users and connects to Bioconda and Homebrew packaging for workflow installation.

Sources

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa963
https://github.com/yangao07/abPOA#readme
https://github.com/yangao07/abPOA/releases
input source_facts.package-manager

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

library-like package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

library-like package without higher-risk signals

Signaux

metadata:library-like

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`abpoa`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08

version du gestionnaire1.5.6

gestionnaire mis à jour2026-05-26

données localesOK

amontnot checked

dernière version détectéenon détecté

https://github.com/yangao07/abPOA

infoNo cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/yangao07/abPOAconfiance none

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:abpoa
Version	1.5.6
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/abpoa
Page d'accueil	https://github.com/yangao07/abPOA
Dépôt	https://github.com/yangao07/abPOA
Docs amont	https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa963
Licence	MIT
Archive source	https://github.com/yangao07/abPOA/releases/download/v1.5.6/abPOA-v1.5.6.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-05-26T23:37:46-04:00
Pulse	updated
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	abpoa
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

abpoa 1.5.3-1+b4

adaptive banded Partial Order Alignment

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install abpoa

Section: science
Architecture: amd64
Source Package: abpoa
3 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Abpoa

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: abpoa from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Debian apt95%

python3-pyabpoa 1.5.3-1+b4

adaptive banded Partial Order Alignment - python3 module

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install python3-pyabpoa

Section: python
Architecture: amd64
Source Package: abpoa
3 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Abpoa

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: python3-pyabpoa from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

abpoa

nix profile install nixpkgs#abpoa

normalized package name match
Correspondance par : Abpoa

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/ab/abpoa/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

abpoa 1.5.1-1build1

adaptive banded Partial Order Alignment

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install abpoa

Section: universe/science
Architecture: amd64
3 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Abpoa

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: abpoa from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Ubuntu apt95%

python3-pyabpoa 1.5.1-1build1

adaptive banded Partial Order Alignment - python3 module

https://github.com/yangao07/abPOA

sudo apt install python3-pyabpoa

Section: universe/python
Architecture: amd64
Source Package: abpoa
3 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Abpoa

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: python3-pyabpoa from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/abpoa.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer abpoa avec Homebrew, apt, Nix

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Linux

Résumé du paquet

Liens du projet

Commandes et alias

Historique du projet et usages

Historique du projet

Historique d'adoption

Modes d'utilisation

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Chronologie

Related projects

Sources

Niveau de risque : vert

Classificateur de risque

Pourquoi

Signaux

Comportement d'installation

Revue recommandée

Exécutables installés

Version et fraîcheur

Métadonnées du paquet

Détails de la base source

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Liens internes de paquets

Hubs thématiques

Même workflow

Guides de sécurité des agents

Généré depuis les données du dépôt

Combined YAML source

Sources utilisées