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brew

Installer abyss avec Homebrew, apt, MacPorts

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de abyss pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installationNotes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%
brew install abyss

local Homebrew formula metadata

MacPortsvérifié · 94%
sudo port install abyss

MacPorts ports tree · www/abyss/Portfile · Source: api.github.com

Linux

Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install abyss

Debian stable package indexes · abyss · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

Genome sequence assembler for short reads

Commandes et alias

  • ABYSS
  • ABYSS-P
  • AdjList
  • Consensus
  • DAssembler
  • DistanceEst
  • DistanceEst-ssq
  • KAligner
  • MergeContigs
  • MergePaths
  • Overlap
  • ParseAligns
  • PathConsensus
  • PathOverlap
  • PopBubbles
  • SimpleGraph
  • abyss-align
  • abyss-bloom
  • abyss-bloom-dbg
  • abyss-bloom-dist.mk
  • abyss-bowtie
  • abyss-bowtie2
  • abyss-bwa
  • abyss-bwamem
  • abyss-bwasw
  • abyss-db-csv
  • abyss-db-txt
  • abyss-dida
  • abyss-fac
  • abyss-fatoagp
  • abyss-filtergraph
  • abyss-fixmate

historique

Historique du projet et usages

ABySS is a de novo genome sequence assembler for short paired-end reads, developed at the BC Cancer Genome Sciences Centre and distributed as command-line tools such as abyss-pe and ABYSS-P.

Historique du projet

The official changelog records ABySS 1.0 on 2008-08-07. Its 2009 Genome Research paper described ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data, and the project page identifies it as a parallel, paired-end assembler using MPI for larger genomes.

ABySS 2.0, released in 2016 and described in a 2017 Genome Research paper, added a Bloom filter assembly mode to reduce memory use for large genomes. Later releases continued to tune Bloom filter assembly, linked-read scaffolding, RResolver integration, and compiler/platform support.

Historique d'adoption

ABySS became part of bioinformatics packaging culture because it exposed a substantial Unix-style command suite around a reproducible assembly pipeline and was packaged by Homebrew, Debian, Ubuntu, MacPorts, and Bioconda.

The project page notes a 2015 International Bioinformatics Resource Award from the Swiss Institute of Bioinformatics, reflecting broader scientific use beyond the original BC Cancer group.

Modes d'utilisation

Typical use is batch-oriented: users install ABySS through Conda, Homebrew, or from source, then run abyss-pe with parameters such as k and Bloom filter memory settings for paired-end short-read assembly.

The README documents cluster-oriented MPI mode, Bloom filter mode, scaffolding, linked-read workflows, and related tools such as ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, and abyss-bloom.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

ABySS matters to package maintainers because it combines compiled C++ code, MPI/OpenMP, optional scientific dependencies, many installed executables, and large-memory workloads in one formula.

It is a good example of a scientific CLI whose packaging value is not just the top-level binary but a coordinated toolchain used inside reproducible bioinformatics pipelines.

Chronologie

  • 2008: ABySS 1.0 released.
  • 2009: Genome Research paper presents ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data.
  • 2015: ABySS wins the Swiss Institute of Bioinformatics International Bioinformatics Resource Award.
  • 2016: ABySS 2.0 introduces Bloom filter assembly mode.
  • 2017: ABySS 2.0 paper describes resource-efficient large-genome assembly using a Bloom filter.
  • 2021: ABySS 2.3.0 makes RResolver part of the default pipeline.

Related projects

  • Related projects in the official README include Trans-ABySS, ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, btllib, Open MPI, Boost, and samtools.

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

  • narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

  • metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

  • Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
  • Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
  • S’installe avec 3 dépendances d’exécution.
  • Les métadonnées de compilation listent 2 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

CommandeTypeExpositionNote
ABYSScliexécutable global
ABYSS-Pcliexécutable global
AdjListcliexécutable global
Consensuscliexécutable global
DAssemblercliexécutable global
DistanceEstcliexécutable global
DistanceEst-ssqcliexécutable global
KAlignercliexécutable global
MergeContigscliexécutable global
MergePathscliexécutable global
Overlapcliexécutable global
ParseAlignscliexécutable global
PathConsensuscliexécutable global
PathOverlapcliexécutable global
PopBubblescliexécutable global
SimpleGraphcliexécutable global
abyss-aligncliexécutable global
abyss-bloomcliexécutable global
abyss-bloom-dbgcliexécutable global
abyss-bloom-dist.mkcliexécutable global
abyss-bowtiecliexécutable global
abyss-bowtie2cliexécutable global
abyss-bwacliexécutable global
abyss-bwamemcliexécutable global
abyss-bwaswcliexécutable global
abyss-db-csvcliexécutable global
abyss-db-txtcliexécutable global
abyss-didacliexécutable global
abyss-faccliexécutable global
abyss-fatoagpcliexécutable global
abyss-filtergraphcliexécutable global
abyss-fixmatecliexécutable global
abyss-fixmate-ssqcliexécutable global
abyss-gapfillcliexécutable global
abyss-gccliexécutable global
abyss-indexcliexécutable global
abyss-junctioncliexécutable global
abyss-kalignercliexécutable global
abyss-layoutcliexécutable global
abyss-longseqdistcliexécutable global
abyss-mapcliexécutable global
abyss-map-ssqcliexécutable global
abyss-mergepairscliexécutable global
abyss-overlapcliexécutable global
abyss-paired-dbgcliexécutable global
abyss-paired-dbg-mpicliexécutable global
abyss-pecliexécutable global
abyss-rresolver-shortcliexécutable global
abyss-samtoafgcliexécutable global
abyss-scaffoldcliexécutable global
abyss-sealercliexécutable global
abyss-stack-sizecliexécutable global
abyss-tabtomdcliexécutable global
abyss-todotcliexécutable global
abyss-tofastqcliexécutable global
konnectorcliexécutable global
logcountercliexécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08
version du gestionnaire2.3.10
gestionnaire mis à jour2026-07-04
données localesOK
amontnot checked
dernière version détectéenon détecté

https://github.com/BirolLab/abyss

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquetbrew:abyss
Version2.3.10
Gestionnaire de paquetsHomebrew
Page du gestionnaire de paquetshttps://formulae.brew.sh/formula/abyss
Page d'accueilhttps://www.bcgsc.ca/resources/software/abyss
Dépôthttps://github.com/BirolLab/abyss
Docs amonthttps://github.com/bcgsc/abyss#readme
LicenceGPL-3.0-only AND LGPL-2.1-or-later AND MIT AND BSD-3-Clause
Archive sourcehttps://github.com/BirolLab/abyss/releases/download/2.3.10/abyss-2.3.10.tar.gz
Dernière mise à jour2026-07-04T16:53:41+09:00
Pulseupdated
Dépendancesbtllib, libomp, open-mpi
Dépendances de compilationboost, google-sparsehash
Bibliothèques fournies par macOSsqlite
Bouteilledisponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrewnon défini
Serviceaucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Nameabyss
Version Scheme0
Revision1
Head VersionHEAD
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • head
  • stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

abyss 2.3.10-1+b1

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • Source Package: abyss
  • 11 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Abyss
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: abyss from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

abyss 2.3.7-2ubuntu3

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 11 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Abyss
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: abyss from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
MacPorts95%

abyss

sudo port install abyss
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Abyss
MacPorts ports tree · api.github.com · MacPorts ports tree: www/abyss/Portfile from https://api.github.com/repos/macports/macports-ports/git/trees/master?recursive=1

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

Outils liés

  • btllibRuntime dependency declared by Homebrew.
  • open-mpiRuntime dependency declared by Homebrew.

Même workflow

  • flyeShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science.
  • spadesShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science.
  • polypolishShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genome-assembly, science, short-reads.
  • bwaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science, short-reads.
  • abpoaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science.
  • abricateShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, science.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Sources utilisées

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment