macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install genometoolslocal Homebrew formula metadata
brew
Installer genometools avec Homebrew, apt
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de genometools pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install genometoolsDebian stable package indexes · genometools · Source: deb.debian.org
aperçu
Résumé du paquet
Versatile open source genome analysis software
Liens du projet
Commandes et alias
- genometools-config
historique
Historique du projet et usages
GenomeTools is an open source genome informatics system centered on a single gt command and the libgenometools C library. It collects command-line tools, APIs, and published bioinformatics components for structured genome annotations, sequence analysis, annotation visualization, and related workflows.
Historique du projet
The project archive shows public source tarballs beginning with the 0.6.x series in 2007 and a 1.0.0 release later that year. The official overview describes the system as a collection of bioinformatics tools combined into one binary and based on libgenometools, with development credited to Gordon Gremme, Sascha Steinbiss, Stefan Kurtz, and contributors at the University of Hamburg's Genome Informatics group.
The 2013 GenomeTools publication framed the project as a comprehensive software library for efficient processing of structured genome annotations. Around that core, the official site lists separately published components such as LTRharvest, Tallymer, AnnotationSketch, LTRdigest, GtEncseq, Readjoiner, and related tools built on the same library.
Historique d'adoption
GenomeTools gained significance through bioinformatics publications and through its packaging as a reusable command-line suite rather than a single-purpose script. Its official site points to manuals, manpage-style tool documentation, a C API, Lua-based gtscript documentation, and a GFF3 validator, which made it useful both for end users and developers building genome-annotation workflows.
Modes d'utilisation
Practitioners use GenomeTools for tasks such as validating and processing GFF3, drawing genome annotations, finding LTR retrotransposons, counting or indexing sequence features, assembling reads, and scripting analyses around the gt command. Developers can use libgenometools and the documented C API when command-line composition is not enough.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
GenomeTools is a good example of scientific software that package managers preserve because reproducible research workflows depend on exact command-line behavior, compiled C libraries, and long-lived manual pages.
Chronologie
- 2007: the project archive listed the 0.6.x series and 1.0.0 tarballs.
- 2008: the official site listed published GenomeTools components including LTRharvest and Tallymer.
- 2013: the GenomeTools software-library paper appeared in IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.
- 2021: the project archive listed the 1.6.2 tarball.
Related projects
- Related GenomeTools components and adjacent projects include libgenometools, gt, AnnotationSketch, LTRharvest, LTRdigest, Tallymer, GtEncseq, Readjoiner, GenomeThreader, and GFF3 validation tooling.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
- S’installe avec 6 dépendances d’exécution.
- Les métadonnées de compilation listent 2 dépendances de compilation.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
genometools-config | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-07-10
version du gestionnaire1.6.6
gestionnaire mis à jour
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev1.6.6
https://github.com/genometools/genometools
- infoNo package-manager update timestamp was available.confiance faible
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:genometools |
|---|---|
| Version | 1.6.6 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/genometools |
| Page d'accueil | https://genometools.org/ |
| Dépôt | https://github.com/genometools/genometools |
| Docs amont | https://genometools.org/documentation.html |
| Licence | ISC |
| Archive source | https://github.com/genometools/genometools/archive/refs/tags/v1.6.6.tar.gz |
| Dépendances | cairo, gettext, glib, harfbuzz, pango, tre |
| Dépendances de compilation | pkgconf, python@3.14 |
| Bibliothèques fournies par macOS | bzip2, expat, sqlite |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | genometools |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Conflicts With |
|
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
genometools 1.6.5+ds-2.2
versatile genome analysis toolkit
sudo apt install genometools- Section: science
- Architecture: amd64
- 15 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Debian apt95%
genometools-common 1.6.5+ds-2.2
shared data files for GenomeTools
sudo apt install genometools-common- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 9 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Debian apt95%
genometools-doc 1.6.5+ds-2.2
documentation for GenomeTools
sudo apt install genometools-doc- Section: doc
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Debian apt95%
libgenometools0-dev 1.6.5+ds-2.2
development files for GenomeTools
sudo apt install libgenometools0-dev- Section: libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 1 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Debian apt95%
libgenometools0t64 1.6.5+ds-2.2
versatile genome analysis library
sudo apt install libgenometools0t64- Section: libs
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 13 Dépendances
- 1 fournit
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Debian apt95%
python3-genometools 1.6.5+ds-2.2
Python3 bindings for genometools
sudo apt install python3-genometools- Section: python
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Ubuntu apt95%
genometools 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
versatile genome analysis toolkit
sudo apt install genometools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 15 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Ubuntu apt95%
genometools-common 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
shared data files for GenomeTools
sudo apt install genometools-common- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 9 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Ubuntu apt95%
genometools-doc 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
documentation for GenomeTools
sudo apt install genometools-doc- Section: universe/doc
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Ubuntu apt95%
libgenometools0-dev 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
development files for GenomeTools
sudo apt install libgenometools0-dev- Section: universe/libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 1 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Ubuntu apt95%
libgenometools0t64 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
versatile genome analysis library
sudo apt install libgenometools0t64- Section: universe/libs
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 13 Dépendances
- 1 fournit
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
Ubuntu apt95%
python3-genometools 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
Python3 bindings for genometools
sudo apt install python3-genometools- Section: universe/python
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Genometools
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment