installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install adapterremoval

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install adapterremoval

Debian stable package indexes · adapterremoval · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

Rapid adapter trimming, identification, and read merging

Liens du projet

Commandes et alias

adapterremoval3

historique

Historique du projet et usages

AdapterRemoval is a bioinformatics command-line tool for trimming adapter sequences, trimming low-quality bases, merging overlapping paired-end reads, demultiplexing barcoded reads, and producing sequencing QC reports.

Historique du projet

The README cites the original AdapterRemoval publication by Lindgreen in 2012 and the AdapterRemoval v2 paper by Schubert, Lindgreen, and Orlando in 2016. Version 3 is described as a major revision of version 2 focused on simpler defaults, more features, and higher throughput.

The GitHub repository was created in 2014 and now publishes the `adapterremoval3` command with documentation hosted on Read the Docs.

Historique d'adoption

AdapterRemoval became a common sequencing utility because adapter trimming and read merging are routine preprocessing steps for high-throughput sequencing FASTQ data. Its README notes precompiled binaries for Linux, macOS, and Windows, and the supplied input lists Homebrew, Debian, and Ubuntu packages.

Modes d'utilisation

Users run `adapterremoval3` with input FASTQ files and an output prefix; default behavior can automatically detect adapters, trim low-quality bases, filter reads, write compressed FASTQ, and generate HTML and JSON reports.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

For package maintainers, AdapterRemoval is a good example of a scientific CLI where reproducibility, CPU-specific acceleration, compression libraries, and manpage/docs installation all matter. Version 3 adds SIMD acceleration and broader platform packaging concerns.

Chronologie

2012: Original AdapterRemoval publication appeared in BMC Research Notes.
2014: GitHub repository `MikkelSchubert/adapterremoval` was created.
2016: AdapterRemoval v2 paper described rapid adapter trimming, identification, and read merging.
2022: First AdapterRemoval v3 alpha release was published.
2026: AdapterRemoval v3.0.0 was published.

Related projects

Related tools and domains include FASTQ preprocessing pipelines, adapter trimming utilities, Illumina sequencing workflows, SAM/BAM output handling, and QC report generators.

Sources

posture de sécurité

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour adapterremoval. Les métadonnées de paquet Nucleus restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
S’installe avec 2 dépendances d’exécution.
Les métadonnées de compilation listent 4 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`adapterremoval3`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-10

version du gestionnaire3.0.1

gestionnaire mis à jour2026-07-02

données localesOK

amontà jour

dernière version détectéev3.0.1

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:adapterremoval
Version	3.0.1
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/adapterremoval
Page d'accueil	https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval
Dépôt	https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval
Docs amont	https://adapterremoval.readthedocs.io/
Licence	GPL-3.0-or-later
Archive source	https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval/archive/refs/tags/v3.0.1.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-07-02T12:16:02Z
Pulse	updated
Dépendances	isa-l, libdeflate
Dépendances de compilation	meson, ninja, pkgconf, sphinx-doc
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	adapterremoval
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

adapterremoval 2.3.4-1

rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval

Section: science
Architecture: amd64
5 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Adapterremoval

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: adapterremoval from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Debian apt95%

adapterremoval-examples 2.3.4-1

rapid adapter trimming, identification, and read merging (example data)

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval-examples

Section: science
Architecture: all
Source Package: adapterremoval
normalized package name match
Correspondance par : Adapterremoval

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: adapterremoval-examples from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Ubuntu apt95%

adapterremoval 2.3.3-2

rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval

Section: universe/science
Architecture: amd64
5 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Adapterremoval

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: adapterremoval from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Ubuntu apt95%

adapterremoval-examples 2.3.3-2

rapid adapter trimming, identification, and read merging (example data)

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval-examples

Section: universe/science
Architecture: all
Source Package: adapterremoval
normalized package name match
Correspondance par : Adapterremoval

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: adapterremoval-examples from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/adapterremoval.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer adapterremoval avec Homebrew, apt

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Linux

Résumé du paquet

Liens du projet

Commandes et alias

Historique du projet et usages

Historique du projet

Historique d'adoption

Modes d'utilisation

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Chronologie

Related projects

Sources

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Comportement d'installation

Revue recommandée

Exécutables installés

Version et fraîcheur

Métadonnées du paquet

Détails de la base source

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Liens internes de paquets

Hubs thématiques

Outils liés

Même workflow

Guides de sécurité des agents

Généré depuis les données du dépôt

Combined YAML source

Sources utilisées