Automic VaultAutomic Vault

brew

paml を Homebrew, apt, Nix でインストール

paml のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install paml

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install paml

Debian stable package indexes · paml · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#paml

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/pa/paml/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

Phylogenetic analyses of DNA or protein sequences using maximum likelihood

コマンドとエイリアス

  • baseml
  • basemlg
  • chi2
  • codeml
  • evolver
  • infinitesites
  • mcmctree
  • pamp
  • yn00

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
basemlcliグローバル実行可能ファイル
basemlgcliグローバル実行可能ファイル
chi2cliグローバル実行可能ファイル
codemlcliグローバル実行可能ファイル
evolvercliグローバル実行可能ファイル
infinitesitescliグローバル実行可能ファイル
mcmctreecliグローバル実行可能ファイル
pampcliグローバル実行可能ファイル
yn00cliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-07-08
マネージャ版4.10.10
マネージャ更新日2026-05-03
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v4.10.10

https://github.com/abacus-gene/paml

  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:paml
バージョン4.10.10
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/paml
ホームページhttps://github.com/abacus-gene/paml
リポジトリhttps://github.com/abacus-gene/paml
上流ドキュメントhttps://github.com/abacus-gene/paml/wiki
ライセンスGPL-3.0-only
ソースアーカイブhttps://github.com/abacus-gene/paml/archive/refs/tags/v4.10.10.tar.gz
最終更新2026-05-03T17:51:16+02:00
Pulseupdated
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namepaml
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

paml 4.9j+dfsg-6

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 1 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Paml
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: paml from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

paml-doc 4.9j+dfsg-6

Documentation for PAML

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: paml
  • normalized package name match
  • 一致条件: Paml
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: paml-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

paml

nix profile install nixpkgs#paml
  • normalized package name match
  • 一致条件: Paml
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/pa/paml/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

paml 4.9j+dfsg-4

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 1 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Paml
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: paml from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

paml-doc 4.9j+dfsg-4

Documentation for PAML

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: paml
  • normalized package name match
  • 一致条件: Paml
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: paml-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Debian apt92%

evolver 2.70+ds-8

Surface Evolver

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver
  • Section: math
  • Architecture: all
  • 2 依存関係
  • installed executable or alias match
  • 一致条件: Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt92%

evolver-doc 2.70+ds-8

Surface Evolver - doc

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: evolver
  • 2 任意依存関係
  • installed executable or alias match
  • 一致条件: Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt92%

evolver-nox 2.70+ds-8+b2

Surface Evolver - with no X support

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver-nox
  • Section: math
  • Architecture: amd64
  • Source Package: evolver
  • 3 依存関係
  • 1 提供
  • 2 任意依存関係
  • installed executable or alias match
  • 一致条件: Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver-nox from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt92%

evolver-ogl 2.70+ds-8+b2

Surface Evolver - with OpenGL display

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver-ogl
  • Section: math
  • Architecture: amd64
  • Source Package: evolver
  • 7 依存関係
  • 1 提供
  • 2 任意依存関係
  • installed executable or alias match
  • 一致条件: Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver-ogl from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

同じワークフロー

  • fastmeShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, phylogenetics, science.
  • trimalShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, phylogenetics, science.
  • veryfasttreeShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, phylogenetics, science.
  • iqtree3Shares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, maximum-likelihood, phylogenetics, science.
  • raxml-ngShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, maximum-likelihood, phylogenetics, science.
  • bbtoolsShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, dna, science.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment