macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install fastqclocal Homebrew formula metadata
brew
fastqc を Homebrew, apt, Nix でインストール
fastqc のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install fastqcDebian stable package indexes · fastqc · ソース: deb.debian.org
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#fastqcnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/fa/fastqc/package.nix · ソース: api.github.com
概要
パッケージ概要
Quality control tool for high throughput sequence data
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- fastqc
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
FastQC is Babraham Bioinformatics' quality-control application for high-throughput sequencing data. It analyzes FASTQ, BAM, and SAM inputs and produces graphical and HTML reports that flag unusual properties before downstream analysis.
プロジェクトの歴史
FastQC was created by Simon Andrews at Babraham Bioinformatics and had public releases by April 2010, according to the official project changelog. The project page describes it as stable, mature Java software released under GPL v3 or later.
The GitHub repository was created in 2017 as the public source-code home for developers and bug tracing, while the Babraham project page remains the canonical place for users to download compiled packages and read documentation.
採用の歴史
FastQC became a standard first-pass QC tool for high-throughput sequencing because it works both as an interactive GUI and as a non-interactive pipeline step. The project page emphasizes permanent HTML report export and example reports for Illumina, RNA-Seq adapter contamination, small RNA, RRBS, PacBio, and 454 datasets.
Its release history shows long maintenance from 2010 through the 0.12.x releases in 2023, adapting to new sequencing formats and operational needs such as NovaSeq tile handling, Nanopore format changes, SVG output, and memory options.
使われ方
Users run FastQC before deeper analysis to get a quick overview of raw sequence quality. Its modules summarize base quality, sequence content, duplication, adapter content, and other signals, then mark modules as pass, warning, or fail.
FastQC can process multiple files in the graphical application, or run headlessly in pipelines to generate one report per input file. It documents no persistent package configuration file or credential store.
パッケージ好きにとっての重要性
FastQC is a canonical bioinformatics package-manager resident: a Java GUI that is also a CLI pipeline tool, a project website that predates the GitHub source repo, and output reports recognizable across sequencing workflows.
タイムライン
- 2010: Version 0.1 is released.
- 2017: The public GitHub source repository is created.
- 2018: v0.11.8 is released with performance and behavior fixes.
- 2023: v0.12.x releases add modern report and runtime improvements.
Related projects
- FastQC is commonly paired with FASTQ preprocessing tools such as fastp; fastp's own README describes its HTML report as FastQC-like.
ソース
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 1 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- 1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
fastqc | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-07-08
マネージャ版0.12.1
マネージャ更新日2026-06-22
ローカルデータOK
上流not checked
検出された最新未検出
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
- 情報Release/tag comparison is only available for GitHub repositories.https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/信頼度 none
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:fastqc |
|---|---|
| バージョン | 0.12.1 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/fastqc |
| ホームページ | https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ |
| リポジトリ | https://github.com/s-andrews/FastQC |
| 上流ドキュメント | https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc |
| ライセンス | GPL-3.0-or-later |
| ソースアーカイブ | https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip |
| 最終更新 | 2026-06-22T14:03:18-07:00 |
| Pulse | updated |
| 依存関係 | openjdk |
| Bottle | 利用可能 (対象 all) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | fastqc |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
fastqc 0.12.1+dfsg-4
quality control for high throughput sequence data
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
sudo apt install fastqc- Section: science
- Architecture: all
- 5 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Fastqc
Nix95%
fastqc
nix profile install nixpkgs#fastqc- normalized package name match
- 一致条件: Fastqc
Ubuntu apt95%
fastqc 0.12.1+dfsg-3
quality control for high throughput sequence data
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
sudo apt install fastqc- Section: universe/science
- Architecture: all
- 6 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Fastqc
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment