macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install samtoolslocal Homebrew formula metadata
MacPortsvérifié · 94%
sudo port install samtoolsMacPorts ports tree · science/samtools/Portfile · Source: api.github.com
brew
Installer samtools avec Homebrew, apt, dnf, MacPorts, Nix, zypper
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de samtools pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install samtoolsDebian stable package indexes · samtools · Source: deb.debian.org
Fedora dnfvérifié · 92%
sudo dnf install samtoolsFedora Rawhide package metadata · samtools · Source: dl.fedoraproject.org
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#samtoolsnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sa/samtools/package.nix · Source: api.github.com
openSUSE zyppervérifié · 92%
sudo zypper install samtoolsopenSUSE Tumbleweed package metadata · samtools · Source: download.opensuse.org
aperçu
Résumé du paquet
Tools for manipulating next-generation sequencing data
Liens du projet
Commandes et alias
- ace2sam
- blast2sam.pl
- bowtie2sam.pl
- export2sam.pl
- fasta-sanitize.pl
- interpolate_sam.pl
- maq2sam-long
- maq2sam-short
- md5fa
- md5sum-lite
- novo2sam.pl
- plot-ampliconstats
- plot-bamstats
- psl2sam.pl
- sam2vcf.pl
- samtools
- samtools.pl
- seq_cache_populate.pl
- soap2sam.pl
- wgsim
- wgsim_eval.pl
- zoom2sam.pl
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
- S’installe avec 1 dépendances d’exécution.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
ace2sam | cli | exécutable global | |
blast2sam.pl | cli | exécutable global | |
bowtie2sam.pl | cli | exécutable global | |
export2sam.pl | cli | exécutable global | |
fasta-sanitize.pl | cli | exécutable global | |
interpolate_sam.pl | cli | exécutable global | |
maq2sam-long | cli | exécutable global | |
maq2sam-short | cli | exécutable global | |
md5fa | cli | exécutable global | |
md5sum-lite | cli | exécutable global | |
novo2sam.pl | cli | exécutable global | |
plot-ampliconstats | cli | exécutable global | |
plot-bamstats | cli | exécutable global | |
psl2sam.pl | cli | exécutable global | |
sam2vcf.pl | cli | exécutable global | |
samtools | cli | exécutable global | |
samtools.pl | cli | exécutable global | |
seq_cache_populate.pl | cli | exécutable global | |
soap2sam.pl | cli | exécutable global | |
wgsim | cli | exécutable global | |
wgsim_eval.pl | cli | exécutable global | |
zoom2sam.pl | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-07-10
version du gestionnaire1.24
gestionnaire mis à jour2026-07-09
données localesOK
amontnot checked
dernière version détectéenon détecté
https://github.com/samtools/samtools
- infoNo cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/samtools/samtoolsconfiance none
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:samtools |
|---|---|
| Version | 1.24 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/samtools |
| Page d'accueil | https://www.htslib.org/ |
| Dépôt | https://github.com/samtools/samtools |
| Docs amont | https://www.htslib.org/doc |
| Licence | MIT |
| Archive source | https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.24/samtools-1.24.tar.bz2 |
| Dernière mise à jour | 2026-07-09T19:51:46Z |
| Pulse | updated |
| Dépendances | htslib |
| Bibliothèques fournies par macOS | ncurses |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | samtools |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
samtools 1.21-1
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: science
- Architecture: amd64
- 5 Dépendances
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
Debian apt95%
samtools-test 1.21-1
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
Nix95%
samtools
nix profile install nixpkgs#samtools- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
Ubuntu apt95%
samtools 1.19.2-1build2
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 Dépendances
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
Ubuntu apt95%
samtools-test 1.19.2-1build2
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
dnf95%
samtools 1.23.1-1.fc45
Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format
sudo dnf install samtools- License: MIT
- Category: Unspecified
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 8 Dépendances
- 1 fournit
- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
zypper95%
samtools 1.21-1.3
Tools for manipulating next-generation sequencing data
https://github.com/samtools/samtools
sudo zypper install samtools- License: MIT
- Category: Productivity/Scientific/Other
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 10 Dépendances
- 1 fournit
- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
MacPorts95%
samtools
sudo port install samtools- normalized package name match
- Correspondance par : Samtools
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment