installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install flye

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install flye

Debian stable package indexes · flye · Source: deb.debian.org

Nixvérifié · 92%

nix profile install nixpkgs#flye

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/fl/flye/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

De novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

Liens du projet

Commandes et alias

flye
flye-minimap2
flye-modules
flye-samtools

historique

Historique du projet et usages

Flye is a de novo assembler for long, single-molecule sequencing reads from platforms such as PacBio and Oxford Nanopore. It is distributed as a command-line bioinformatics package and presents a complete assembly pipeline from raw reads to polished contigs, with special support for metagenome assembly through metaFlye.

Historique du projet

The project grew out of the ABruijn/Flye line of assemblers developed in Pavel Pevzner's lab at UCSD. Its official release history shows early releases under the ABruijn name in 2016 and 2017, followed by Flye releases from the 2.x series onward.

Flye's core technical identity is its repeat graph approach. The README describes repeat graphs as an alternative to de Bruijn graphs for noisy long-read data, using approximate sequence matches and classifying graph edges as unique or repetitive to support reconstruction of assemblies.

Historique d'adoption

Flye became a standard packaged long-read assembler in bioinformatics workflows because it targets both PacBio and Oxford Nanopore reads, covers bacterial through mammalian-scale assemblies, and advertises Bioconda installation from the official README. The input package metadata also records packaging across Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix.

Modes d'utilisation

Typical usage is as the `flye` CLI: users provide raw PacBio or ONT reads, select the appropriate read mode, and receive polished contigs and graph outputs. The README also documents metagenome assembly, benchmark datasets, and downstream visualization or phasing tools.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Flye is notable to package maintainers because it combines Python/C++ bioinformatics code with bundled third-party components such as minimap2 and samtools, while remaining a user-facing CLI. It is also a good example of a research tool that crossed into routine package-manager distribution because long-read sequencing became common laboratory infrastructure.

Chronologie

2016: ABruijn v1.0 was released.
2018: The 2.3 release line appeared under the Flye name.
2019: The Flye repeat-graph assembler paper was published in Nature Biotechnology.
2020: metaFlye for long-read metagenome assembly was published in Nature Methods.
2021: Flye 2.9 added updated high-quality Nanopore and HiFi behavior and other assembly improvements.
2025: Flye 2.9.6 was released as a minor fix release.

Related projects

Related projects named by the official README include metaFlye, HapDup, strainy, AGB, Bandage, minimap2, and samtools.

Sources

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
S’installe avec 2 dépendances d’exécution.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition
`flye`	cli	exécutable global
`flye-minimap2`	cli	exécutable global
`flye-modules`	cli	exécutable global
`flye-samtools`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-10

version du gestionnaire2.9.6

gestionnaire mis à jour2026-06-22

données localesOK

amontà jour

dernière version détectée2.9.6

https://github.com/mikolmogorov/Flye

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:flye
Version	2.9.6
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/flye
Page d'accueil	https://github.com/mikolmogorov/Flye
Dépôt	https://github.com/mikolmogorov/Flye
Docs amont	https://github.com/mikolmogorov/Flye
Licence	BSD-3-Clause AND Apache-2.0 AND BSL-1.0 AND CC-BY-3.0 AND MIT
Archive source	https://github.com/mikolmogorov/Flye/archive/refs/tags/2.9.6.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-06-22T14:03:21-07:00
Pulse	updated
Dépendances	python@3.14, samtools
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	flye
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

flye 2.9.5+dfsg-1

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

https://github.com/fenderglass/Flye

sudo apt install flye

Section: science
Architecture: amd64
8 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Flye

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: flye from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

flye

nix profile install nixpkgs#flye

normalized package name match
Correspondance par : Flye

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/fl/flye/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

flye 2.9.3+dfsg2-1

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

https://github.com/fenderglass/Flye

sudo apt install flye

Section: universe/science
Architecture: amd64
8 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Flye

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: flye from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/flye.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer flye avec Homebrew, apt, Nix