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Installer autocycler avec Homebrew
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de autocycler pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
aperçu
Résumé du paquet
Tool for generating consensus long-read assemblies for bacterial genomes
Liens du projet
Commandes et alias
- autocycler
historique
Historique du projet et usages
Autocycler is a Rust command-line tool for generating consensus long-read bacterial genome assemblies from multiple alternative assemblies.
Historique du projet
The GitHub repository was created on 2023-11-10 and the first public GitHub release, v0.1.0, was published on 2024-11-11. The README describes Autocycler as the successor to Trycycler and says most users should prefer Autocycler over Trycycler.
In 2025, Wick, Howden and Stinear published the Autocycler paper in Bioinformatics, giving the project a formal citation path for research use. By 2026 the project had reached v0.6.2, published on 2026-04-14.
Historique d'adoption
Autocycler's adoption path is academic and bioinformatics-oriented: the README asks research users to cite the Bioinformatics paper, the wiki provides workflows for automated and manually curated assemblies, and the installation docs mention Bioconda in addition to pre-built binaries.
Its scope is intentionally narrower than general genome assembly: the wiki says it aims to produce complete bacterial genome assemblies and requires input assemblies that are mostly or ideally all complete.
Modes d'utilisation
The wiki describes a multi-step workflow: subsample reads, generate several input assemblies with supported long-read assemblers, compress assemblies into a unitig graph, cluster contigs, trim and resolve clusters, then combine resolved clusters into consensus_assembly.fasta.
For minimal setup, the very quick start points users at a conda environment and an automated Bash pipeline that runs the full process with reads.fastq.gz, thread count and parallel job count.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
Autocycler is notable for packaging a modern Rust bioinformatics executable whose usefulness depends on a surrounding toolchain of long-read assemblers. The binary itself is standalone, but real-world workflows often rely on conda environments, Dockerfiles or pipeline scripts to assemble the full stack.
For package databases, it is a good example of a domain-specific CLI where the Homebrew formula exposes only one executable while the official docs point to Bioconda and custom environments for complete scientific workflows.
Chronologie
- 2023: GitHub repository created on 2023-11-10.
- 2024: v0.1.0 released on 2024-11-11.
- 2025: Autocycler paper published in Bioinformatics.
- 2026: v0.6.2 released on 2026-04-14.
Related projects
- The README identifies Trycycler as Autocycler's predecessor.
- The wiki's automated workflow references long-read assemblers including canu, flye, metamdbg, miniasm, necat, nextdenovo, plassembler and raven.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
- Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
autocycler | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-07-08
version du gestionnaire0.6.2
gestionnaire mis à jour2026-04-14
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev0.6.2
https://github.com/rrwick/Autocycler
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:autocycler |
|---|---|
| Version | 0.6.2 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/autocycler |
| Page d'accueil | https://github.com/rrwick/Autocycler |
| Dépôt | https://github.com/rrwick/Autocycler |
| Docs amont | https://github.com/rrwick/Autocycler/wiki |
| Licence | GPL-3.0-or-later |
| Archive source | https://github.com/rrwick/Autocycler/archive/refs/tags/v0.6.2.tar.gz |
| Dernière mise à jour | 2026-04-14T10:27:47Z |
| Pulse | updated |
| Dépendances de compilation | rust |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | autocycler |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment