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brew

Installer gffread avec Homebrew, apt

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de gffread pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installationNotes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%
brew install gffread

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install gffread

Debian stable package indexes · gffread · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

Commandes et alias

  • gffread

historique

Historique du projet et usages

GffRead is a C++ command-line utility for reading, validating, converting, filtering, and extracting sequence data from GFF and GTF genome annotation files. Its history is closely linked to the StringTie/Cufflinks transcript-assembly ecosystem and to the practical need for robust interchange between GTF2 and GFF3.

Historique du projet

The Johns Hopkins Center for Computational Biology documents GffRead as part of its GFF utilities page, alongside GffCompare. The repository describes it as a GFF/GTF utility and points users to the 2020 F1000Research paper by Geo Pertea and Mihaela Pertea for usage examples and citation.

Historique d'adoption

GTF and GFF are common bioinformatics exchange formats for genes, transcripts, exons, and coding regions. GffRead gained significance because it uses parser code shared with Cufflinks, StringTie, and GffCompare, allowing researchers to test whether an annotation file will be interpreted by that tool family.

Modes d'utilisation

Practitioners run GffRead to clean and inspect annotation files, convert GTF2 to GFF3 or GFF3 to GTF2, expose parser warnings, discard non-essential attributes, and extract transcript FASTA sequences from a genome FASTA plus annotation file. FASTA index files generated by samtools can speed sequence extraction.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

GffRead is the sort of bioinformatics CLI that package managers keep close to workflow engines: small enough to install as a standalone binary, but important enough to sit inside larger RNA-seq and genome-annotation pipelines.

Chronologie

  • 2020: The GFF Utilities paper described GffRead and GffCompare in F1000Research.
  • 2020: Johns Hopkins publication metadata listed the software as open source under the MIT license.
  • 2026: The project repository and Bioconda metadata listed v0.12.9 packages.

Related projects

  • GffRead is related to GffCompare, StringTie, Cufflinks, samtools, GTF2, and GFF3 tooling.

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

  • narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

  • metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

  • Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
  • Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

CommandeTypeExpositionNote
gffreadcliexécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08
version du gestionnaire0.12.9
gestionnaire mis à jour2026-04-10
données localesOK
amontnot checked
dernière version détectéenon détecté

https://github.com/gpertea/gffread

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquetbrew:gffread
Version0.12.9
Gestionnaire de paquetsHomebrew
Page du gestionnaire de paquetshttps://formulae.brew.sh/formula/gffread
Page d'accueilhttps://github.com/gpertea/gffread
Dépôthttps://github.com/gpertea/gffread
Docs amonthttp://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml
LicenceMIT
Archive sourcehttps://github.com/gpertea/gffread/releases/download/v0.12.9/gffread-0.12.9.tar.gz
Dernière mise à jour2026-04-10T21:12:05Z
Pulseupdated
Bouteilledisponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrewnon défini
Serviceaucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namegffread
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

gffread 0.12.7-8

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml

sudo apt install gffread
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 3 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Gffread
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: gffread from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

gffread 0.12.7-4build1

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml

sudo apt install gffread
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 3 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Gffread
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: gffread from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

Même workflow

  • abricateShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • minigraphShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • stringtieShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • tabixppShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • vcfannoShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.
  • vcflibShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Sources utilisées

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment