macOS
Homebrewverifiziert · 100%
brew install bioawklocal Homebrew formula metadata
brew
bioawk mit Homebrew, apt, Nix installieren
Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für bioawk in AI-Agent-Workflows.
Installation
Weitere Installationsbefehle
Linux
Debian aptverifiziert · 92%
sudo apt install bioawkDebian stable package indexes · bioawk · Quelle: deb.debian.org
Nixverifiziert · 92%
nix profile install nixpkgs#bioawknixpkgs package indexes · pkgs/by-name/bi/bioawk/package.nix · Quelle: api.github.com
Überblick
Paketzusammenfassung
AWK modified for biological data
Projektlinks
Befehle und Aliase
- bioawk
Verlauf
Projektgeschichte und Nutzung
bioawk is a small but durable bioinformatics command-line package: Brian Kernighan's awk modified to understand common genomics text formats and gzip-compressed input.
Projektgeschichte
The lh3/bioawk repository was created on GitHub in January 2012 and describes the project as BWK awk modified for biological data. Its README says bioawk extends Brian Kernighan's awk with BED, GFF, SAM, VCF, FASTA/FASTQ, tab-delimited headers, gzip support through zlib, and biosequence helper functions while falling back to original awk behavior when the biological extensions are not used.
Adoptionsgeschichte
bioawk spread through the practical genomics command-line ecosystem rather than through a large application platform. The input package metadata lists Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix packages, which is exactly the distribution pattern expected for a small Unix filter that bioinformaticians drop into shell pipelines.
Wie es verwendet wird
Common uses include extracting fields from VCF or SAM, converting FASTA/FASTQ records, reverse-complementing sequences, and using `-c fastx`, `-c sam`, `-c vcf`, or `-c hdr` to make biological records feel like awk fields.
It is especially useful when the job is too small for a full Python or Perl script but too biological for plain awk.
Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren
bioawk is package-nerd catnip because it is not a new workflow engine or framework; it is the old Unix text-processing model with just enough domain knowledge to remove glue code. It keeps awk's one-liner culture alive inside genomics pipelines.
Zeitleiste
- 2012: lh3/bioawk repository created on GitHub.
- 2012: v1.0 tag published in the repository.
- 2010s: Packaged by Unix-like distributions for bioinformatics shell workflows.
Related projects
- bioawk is directly related to BWK awk, zlib, and command-line genomics tools such as samtools, bcftools, BED/GFF utilities, and FASTA/FASTQ pipeline filters.
Quellen
Sicherheitslage
Risikostufe: grün
narrow executable package without higher-risk signals.
Risikoklassifikator
grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance
Warum
- narrow executable package without higher-risk signals
Signale
- metadata:no-higher-risk-signals
Installationsverhalten
- In den Formelmetadaten ist kein Homebrew-Post-install-Hook erfasst.
- Homebrew-Bottle-Metadaten sind für 6 Plattformziele verfügbar.
Empfohlene Prüfung
Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.
Executables
Installierte Executables
| Befehl | Art | Sichtbarkeit | Hinweis |
|---|---|---|---|
bioawk | cli | globales Executable |
Aktualität
Version und Aktualität
Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.
Seite generiert2026-07-10
Manager-Version1.0
Manager aktualisiert
lokale DatenOK
Upstreamaktuell
neueste erkannte Versionv1.0
- InfoNo package-manager update timestamp was available.niedrig Konfidenz
Installationsmetadaten
Paketmetadaten
| Paketschlüssel | brew:bioawk |
|---|---|
| Version | 1.0 |
| Paketmanager | Homebrew |
| Paketmanager-Seite | https://formulae.brew.sh/formula/bioawk |
| Homepage | https://github.com/lh3/bioawk |
| Repository | https://github.com/lh3/bioawk |
| Upstream-Dokumentation | https://github.com/lh3/bioawk#readme |
| Lizenz | HPND |
| Quellarchiv | https://github.com/lh3/bioawk/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz |
| Bottle | verfügbar (auf arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | nicht definiert |
| Dienst | keiner deklariert |
Registry-Fakten
Details aus der Quelldatenbank
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | bioawk |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
Source-Datenbank-Treffer
Andere Paketmanager-Einträge
Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.
Debian apt95%
bioawk 1.0-5
extension of awk for biological sequence analysis
sudo apt install bioawk- Section: science
- Architecture: amd64
- 2 Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Bioawk
Nix95%
bioawk
nix profile install nixpkgs#bioawk- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Bioawk
Ubuntu apt95%
bioawk 1.0-4
extension of awk for biological sequence analysis
sudo apt install bioawk- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Bioawk
Quellspur
Aus Repository-Daten generiert
Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Verwendete Quellen
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment