macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install minimap2local Homebrew formula metadata
brew
Installer minimap2 avec Homebrew, apt, Nix
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de minimap2 pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install libminimap2-devDebian stable package indexes · libminimap2-dev · Source: deb.debian.org
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#minimap2nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/mi/minimap2/package.nix · Source: api.github.com
aperçu
Résumé du paquet
Versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
Liens du projet
Commandes et alias
- minimap2
- sdust
historique
Historique du projet et usages
minimap2 is Heng Li's successor to the original minimap, designed for the alignment problems created by long-read sequencing and large genomic assemblies. The 2017 preprint and 2018 Bioinformatics paper present it as a general-purpose pairwise aligner for DNA and long mRNA sequences, motivated by ultra-long reads, full-length transcript reads, and contigs that older aligners could not process efficiently at scale.
Historique du projet
Its major technical contribution is being broad without being slow. The paper describes minimap2 as usable for short reads, assembly contigs, noisy long genomic reads, RNA-seq reads, read overlap detection, and full-genome alignment. The implementation combines fast chaining with base-level alignment improvements, including Suzuki-Kasahara dynamic programming, to make long-read and splice-aware alignment practical. The project README highlights the same practical presets: PacBio and Oxford Nanopore genomic reads, Iso-Seq and Nanopore RNA/cDNA alignment, Illumina reads, assembly-to-assembly comparison, and related-species genome alignment.
Modes d'utilisation
minimap2 became a core bioinformatics command-line tool because long-read sequencing workflows needed one aligner that could cover many data types. It is invoked directly in pipelines and through higher-level platforms, producing SAM or PAF output for downstream tools such as samtools, variant callers, assemblers, and transcript analysis software. In package managers it sits in the genomics CLI niche beside aligners such as BWA-MEM, Bowtie2, BLASR, NGMLR, and GMAP, with its reputation tied to speed, accuracy, and long-read versatility.
Sources
posture de sécurité
Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment
Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour minimap2. Les métadonnées de paquet Nucleus restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
minimap2 | cli | exécutable global | |
sdust | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-07-08
version du gestionnaire2.31
gestionnaire mis à jour2026-05-20
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev2.31
https://github.com/lh3/minimap2
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:minimap2 |
|---|---|
| Version | 2.31 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/minimap2 |
| Page d'accueil | https://lh3.github.io/minimap2 |
| Dépôt | https://github.com/lh3/minimap2 |
| Docs amont | https://lh3.github.io/minimap2/minimap2.html |
| Licence | MIT |
| Archive source | https://github.com/lh3/minimap2/archive/refs/tags/v2.31.tar.gz |
| Dernière mise à jour | 2026-05-20T00:41:23Z |
| Pulse | updated |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | minimap2 |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
libminimap2-dev 2.27+dfsg-1+b3
development headers for libminimap
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install libminimap2-dev- Section: libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 1 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Minimap2
Debian apt95%
minimap2 2.27+dfsg-1+b3
versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install minimap2- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Minimap2
Debian apt95%
python3-mappy 2.27+dfsg-1+b3
Python3 interface minimap2
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install python3-mappy- Section: python
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 3 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Minimap2
Nix95%
minimap2
nix profile install nixpkgs#minimap2- normalized package name match
- Correspondance par : Minimap2
Ubuntu apt95%
libminimap2-dev 2.26+dfsg-1build1
development headers for libminimap
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install libminimap2-dev- Section: universe/libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 1 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Minimap2
Ubuntu apt95%
minimap2 2.26+dfsg-1build1
versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install minimap2- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Minimap2
Ubuntu apt95%
python3-mappy 2.26+dfsg-1build1
Python3 interface minimap2
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install python3-mappy- Section: universe/python
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 3 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Minimap2
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment