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brew

Installer lastz avec Homebrew, apt

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de lastz pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installationNotes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%
brew install lastz

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install lastz

Debian stable package indexes · lastz · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

Pairwise aligner for DNA sequences

Commandes et alias

  • lastz
  • lastz_D

historique

Historique du projet et usages

LASTZ is a pairwise DNA sequence aligner and the successor-style, command-line-compatible replacement for BLASTZ. It is used for comparing genomic sequences and can emit formats used by genome-alignment pipelines, including LAV, AXT, MAF, SAM, CIGAR, PAF, and human-readable output.

Historique du projet

The official documentation presents LASTZ as a drop-in replacement for BLASTZ that preserves BLASTZ command-line syntax while adding options and correcting behavioral problems. Its documentation includes an explicit section on differences from BLASTZ, such as fixes to alignment-boundary behavior, premature termination, chaining overflow, ambiguity handling, and additional output formats.

The GitHub repository was created on 2016-08-11 and is described by the project as the official working branch, with users encouraged to use tagged releases. Tagged 1.04.x releases continued the project's bioinformatics-maintenance role after the BLASTZ era.

Historique d'adoption

LASTZ is packaged in Homebrew, Debian, and Ubuntu and appears in high-performance-computing genomics documentation because pairwise whole-genome and read-to-reference alignment remain recurring batch-computing tasks. Its BLASTZ compatibility helped existing workflows migrate without rewriting every command line.

The adoption pattern is typical of scientific command-line tools: a stable executable, long HTML manual, tagged source releases, and distribution packages matter more than a polished end-user application interface.

Modes d'utilisation

Users run `lastz` with target and query sequences plus scoring, seeding, masking, chaining, and output-format options. The manual's examples cover comparing chromosomes, aligning shotgun reads to a chromosome, self-alignment, and working with seed, HSP, gapped-alignment, and chaining stages.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

LASTZ is package-nerd significant because it is a specialized scientific CLI whose real value is reproducibility: exact versions, tagged releases, and package-manager availability let genomics pipelines rerun large alignments with known behavior.

It also illustrates a common packaging problem in bioinformatics: preserving old command-line compatibility while fixing algorithmic bugs and adding formats needed by newer workflows.

Chronologie

  • 2016-08-11: Official GitHub repository created.
  • 2017-04-12: Tag 1.04.00 appears in the public GitHub tag set.
  • 2022-01-11: Tag 1.04.52 appears in the public GitHub tag set.
  • 2026-05-20: GitHub repository metadata records activity on the official repository.

Related projects

  • LASTZ is directly related to BLASTZ, the Miller Lab alignment tools, and downstream genome-alignment formats and pipelines that consume LAV, AXT, MAF, SAM, CIGAR, or PAF output.

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

  • narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

  • metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

  • Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
  • Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 8 plateformes.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

CommandeTypeExpositionNote
lastzcliexécutable global
lastz_Dcliexécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08
version du gestionnaire1.04.52
gestionnaire mis à jour
données localesOK
amontà jour
dernière version détectée1.04.52

https://github.com/lastz/lastz

  • infoNo package-manager update timestamp was available.confiance faible

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquetbrew:lastz
Version1.04.52
Gestionnaire de paquetsHomebrew
Page du gestionnaire de paquetshttps://formulae.brew.sh/formula/lastz
Page d'accueilhttps://lastz.github.io/lastz/
Dépôthttps://github.com/lastz/lastz
Docs amonthttps://lastz.github.io/lastz
LicenceMIT
Archive sourcehttps://github.com/lastz/lastz/archive/refs/tags/1.04.52.tar.gz
Bouteilledisponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, arm64_ventura, sonoma, ventura, x86_64_linux)
post-install Homebrewnon défini
Serviceaucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namelastz
Version Scheme0
Revision0
Head VersionHEAD
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • head
  • stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

lastz 1.04.22-2

pairwise aligning DNA sequences

https://github.com/lastz/lastz

sudo apt install lastz
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 1 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Lastz
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: lastz from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

lastz-examples 1.04.22-2

pairwise aligning DNA sequences (examples and test scripts)

https://github.com/lastz/lastz

sudo apt install lastz-examples
  • Section: science
  • Architecture: all
  • Source Package: lastz
  • 1 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Lastz
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: lastz-examples from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

lastz 1.04.22-2

pairwise aligning DNA sequences

https://github.com/lastz/lastz

sudo apt install lastz
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 1 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Lastz
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: lastz from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

lastz-examples 1.04.22-2

pairwise aligning DNA sequences (examples and test scripts)

https://github.com/lastz/lastz

sudo apt install lastz-examples
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • Source Package: lastz
  • 1 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Lastz
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: lastz-examples from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

Même workflow

  • minimap2Shares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, dna, genomics, science.
  • mummerShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, dna, genomics, science.
  • bbtoolsShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, dna, genomics, science.
  • blastShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, genomics, science, sequence-alignment.
  • breseqShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, dna, genomics, science.
  • bwaShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, dna, science, sequence-alignment.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Sources utilisées

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment