installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install diamond

local Homebrew formula metadata

Linux

Nixvérifié · 92%

nix profile install nixpkgs#diamond

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/di/diamond/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

Accelerated BLAST compatible local sequence aligner

Liens du projet

Commandes et alias

diamond

historique

Historique du projet et usages

DIAMOND is a high-performance sequence aligner for protein and translated DNA searches, positioned as a BLAST-compatible tool for large biological datasets.

Historique du projet

The README says the initial version was developed by Benjamin J. Buchfink at the Huson lab, University of Tuebingen, from 2013 to 2015. Later development continued independently, with support from an EXIST grant in 2018-2019 and the Max Planck Institute for Biology Tuebingen from 2019 to 2024.

Historique d'adoption

DIAMOND's adoption is tied to its promise of much faster BLAST-like protein and translated DNA alignment. The README highlights 100x to 10,000x BLAST speed, low resource requirements, downloads from GitHub releases, Bioconda availability, Galaxy integration, and citation badges.

Modes d'utilisation

Package users install DIAMOND when they need command-line database creation, protein search, translated DNA search, sequence clustering, taxonomic classification, or BLAST-style tabular, pairwise, and XML outputs.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

DIAMOND is significant because it is a research-grade bioinformatics workhorse that also behaves like a normal packaged CLI. That combination makes it common in reproducible pipelines, containers, Conda environments, Homebrew installs, and HPC workflows.

Chronologie

2013-2015: Initial version developed at the Huson lab, University of Tuebingen.
2015: Original DIAMOND publication cited in the README.
2021: Sensitive protein alignments at tree-of-life scale publication cited in the README.
2026: v2.2.2 release published on GitHub.

Related projects

The README frames DIAMOND as BLAST-compatible and links it to Bioconda and the European Galaxy server for workflow use.

Sources

posture de sécurité

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour diamond. Les métadonnées de paquet Nucleus restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`diamond`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08

version du gestionnaire2.2.3

gestionnaire mis à jour2026-07-07

données localesOK

amontà jour

dernière version détectéev2.2.3

https://github.com/bbuchfink/diamond

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:diamond
Version	2.2.3
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/diamond
Page d'accueil	https://github.com/bbuchfink/diamond
Dépôt	https://github.com/bbuchfink/diamond
Docs amont	https://bbuchfink.github.io/diamond
Licence	GPL-3.0-or-later
Archive source	https://github.com/bbuchfink/diamond/archive/refs/tags/v2.2.3.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-07-07T12:34:31Z
Pulse	updated
Dépendances de compilation	cmake
Bibliothèques fournies par macOS	sqlite
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	diamond
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Nix95%

diamond

nix profile install nixpkgs#diamond

normalized package name match
Correspondance par : Diamond

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/di/diamond/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/diamond.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer diamond avec Homebrew, Nix