Installation

Weitere Installationsbefehle

macOS

Homebrewverifiziert · 100%

brew install snakemake

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptverifiziert · 92%

sudo apt install snakemake

Debian stable package indexes · snakemake · Quelle: deb.debian.org

Fedora dnfverifiziert · 92%

sudo dnf install snakemake

Fedora Rawhide package metadata · snakemake · Quelle: dl.fedoraproject.org

Nixverifiziert · 92%

nix profile install nixpkgs#snakemake

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix · Quelle: api.github.com

Überblick

Paketzusammenfassung

Pythonic workflow system

Projektlinks

Befehle und Aliase

snakemake

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

Snakemake is a Python-based workflow management system for reproducible and scalable data analyses, especially common in bioinformatics and scientific computing.

Projektgeschichte

The official citation page identifies the initial Snakemake publication as a 2012 Bioinformatics article, followed by a 2021 rolling paper for ongoing feature updates. The official GitHub README describes Snakemake workflows as human-readable, Python-based definitions that scale from local machines to server, cluster, grid, and cloud environments.

Adoptionsgeschichte

The official README reports that Snakemake was receiving more than seven new citations per week in 2021 and had almost 400k downloads at that time. The supplied metadata shows distribution through Homebrew, Debian, Ubuntu, Fedora/DNF, and Nix.

Wie es verwendet wird

Users describe workflows in Snakefiles, define rules, inputs, outputs, and software environments, and run snakemake to build requested targets. The official deployment docs recommend a repository layout with workflow code under workflow/ and configuration under config/, including config/config.yaml examples.

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

Snakemake is significant for package maintainers because it bridges language-level workflow definitions, reproducible software deployment, Conda/container integration, and distribution through multiple OS package managers.

Zeitleiste

2012: Initial Snakemake paper published in Bioinformatics.
2019: Current official GitHub repository created.
2021: Sustainable data analysis with Snakemake rolling paper published.
2024: Snakemake 8 release line decomposes functionality into plugins.
2026: Stable documentation tracks Snakemake 9.x.

Related projects

Snakemake workflow catalog
Snakemake wrappers
Snakemake executor plugins
Conda
Apptainer

Quellen

Sicherheitslage

Noch keine Protected-Tool-Abdeckung gefunden

Für snakemake wurde kein passendes lokales Secret-Handling-Manifest gefunden. Nucleus-Paketmetadaten bleiben hier veröffentlicht, damit künftige Abdeckung eine stabile Paket-URL hat.

Installationsverhalten

In den Formelmetadaten ist kein Homebrew-Post-install-Hook erfasst.
Homebrew-Bottle-Metadaten sind für 6 Plattformziele verfügbar.
Installiert mit 6 Laufzeitabhängigkeiten.
Build-Metadaten listen 1 Build-Abhängigkeiten.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

local files

Configuration and credential file locations

These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.

Configuration files

Config paths the tool may read or write during local use.

Unix: config/config.yaml

Executables

Installierte Executables

Befehl	Art	Sichtbarkeit	Hinweis
`snakemake`	cli	globales Executable

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-07-26

Manager-Version9.23.1

Manager aktualisiert2026-07-25

lokale DatenOK

Upstreamnot checked

neueste erkannte Versionnicht erkannt

https://snakemake.readthedocs.io/

InfoRelease/tag comparison is only available for GitHub repositories.https://snakemake.readthedocs.io/none Konfidenz

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüssel	brew:snakemake
Version	9.23.1
Paketmanager	Homebrew
Paketmanager-Seite	https://formulae.brew.sh/formula/snakemake
Homepage	https://snakemake.readthedocs.io/
Repository	https://github.com/snakemake/snakemake
Upstream-Dokumentation	https://snakemake.readthedocs.io/en/stable
Lizenz	MIT
Quellarchiv	https://files.pythonhosted.org/packages/9e/c2/45aa858e55edbb7dbc243ed60859f4f3d92d63ecdd67a80632aa3659fe6b/snakemake-9.23.1.tar.gz
Zuletzt aktualisiert	2026-07-25T10:55:01Z
Pulse	updated
Abhängigkeiten	cbc, certifi, libyaml, pydantic, python@3.14, rpds-py
Build-Abhängigkeiten	rust
Bottle	verfügbar (auf arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	nicht definiert
Dienst	keiner deklariert

Registry-Fakten

Details aus der Quelldatenbank

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	snakemake
Version Scheme	0
Revision	2
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

Source-Datenbank-Treffer

Andere Paketmanager-Einträge

Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.

Debian apt95%

snakemake 7.32.4-7

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake

Section: science
Architecture: all
28 Abhängigkeiten
17 optionale Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Snakemake

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Debian apt95%

snakemake-doc 7.32.4-7

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc

Section: doc
Architecture: all
Source Package: snakemake
4 Abhängigkeiten
1 optionale Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Snakemake

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

snakemake

nix profile install nixpkgs#snakemake

normalized package name match
Abgeglichen nach: Snakemake

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

snakemake 7.32.4-2

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake

Section: universe/science
Architecture: all
29 Abhängigkeiten
17 optionale Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Snakemake

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Ubuntu apt95%

snakemake-doc 7.32.4-2

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc

Section: universe/doc
Architecture: all
Source Package: snakemake
4 Abhängigkeiten
1 optionale Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Snakemake

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

dnf95%

snakemake 9.21.1-3.fc45~bootstrap

Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/index.html

sudo dnf install snakemake

License: Apache-2.0 AND BSD-2-Clause AND BSD-3-Clause AND ISC AND MIT AND MIT-0
Category: Unspecified
Architecture: noarch
Source Package: snakemake
5 Abhängigkeiten
5 stellt bereit
normalized package name match
Abgeglichen nach: Snakemake

Fedora Rawhide package metadata · dl.fedoraproject.org · Fedora Rawhide package metadata: snakemake from https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/development/rawhide/Everything/x86_64/os/repodata/e5ca8ce900cd68f5419e1c39ae517343100b306336cbaeb70a3c153121d95094-primary.xml.zst

dnf95%

snakemake+reports 9.21.1-3.fc45~bootstrap

Metapackage for snakemake: reports extras

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/index.html

sudo dnf install snakemake+reports

License: Apache-2.0 AND BSD-2-Clause AND BSD-3-Clause AND ISC AND MIT AND MIT-0
Category: Unspecified
Architecture: noarch
Source Package: snakemake
3 Abhängigkeiten
3 stellt bereit
normalized package name match
Abgeglichen nach: Snakemake

Fedora Rawhide package metadata · dl.fedoraproject.org · Fedora Rawhide package metadata: snakemake+reports from https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/development/rawhide/Everything/x86_64/os/repodata/e5ca8ce900cd68f5419e1c39ae517343100b306336cbaeb70a3c153121d95094-primary.xml.zst

Paketgraph

Links stammen aus dem lokalen Paketbeziehungsgraph, Ergänzungen, Abhängigkeitskanten, Ecosystem-Matches und Paket-Hub-Mitgliedschaft.

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/snakemake.yml

Verwendete Quellen

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated configuration and credential file locations
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

snakemake mit Homebrew, apt, dnf, Nix installieren

Weitere Installationsbefehle

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Linux

Paketzusammenfassung

Projektlinks

Befehle und Aliase

Projektgeschichte und Nutzung

Projektgeschichte

Adoptionsgeschichte

Wie es verwendet wird

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

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Related projects

Quellen

Noch keine Protected-Tool-Abdeckung gefunden

Installationsverhalten

Empfohlene Prüfung

Configuration and credential file locations

Configuration files

Installierte Executables

Version und Aktualität

Paketmetadaten

Details aus der Quelldatenbank

Andere Paketmanager-Einträge

Interne Paketlinks

Themen-Hubs

Verwandte Tools

Gleicher Workflow

Agent-Sicherheitsleitfäden

Aus Repository-Daten generiert

Combined YAML source

Verwendete Quellen