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Homebrewverifiziert · 100%
brew install fastmelocal Homebrew formula metadata
brew
fastme mit Homebrew installieren
Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für fastme in AI-Agent-Workflows.
Installation
Weitere Installationsbefehle
Überblick
Paketzusammenfassung
Accurate and fast distance-based phylogeny inference program
Projektlinks
Befehle und Aliase
- fastme
Verlauf
Projektgeschichte und Nutzung
FastME is a distance-based phylogeny inference program from the ATGC/LIRMM ecosystem. It focuses on balanced minimum evolution methods and exposes both command-line and web-application use.
Projektgeschichte
FastME traces back to the 2002 minimum-evolution phylogeny reconstruction work by Desper and Gascuel. The ATGC project page describes the original FastME as using nearest-neighbor interchange and the 2.0 line as adding subtree pruning and regrafting while remaining fast enough to compare with neighbor joining.
The 2015 FastME 2.0 publication and ATGC page frame the modern package as a comprehensive distance-method toolkit, adding distance estimation for DNA and protein data, bootstrapping, and parallel computations.
Adoptionsgeschichte
FastME is a specialist phylogenetics tool rather than a broad developer utility. Its adoption surface is the ATGC web service, Linux and Mac command-line binaries, Galaxy integration references, and scientific package-manager distribution.
Wie es verwendet wird
Users run FastME to infer phylogenetic trees from sequence-derived distances when they want a fast distance method with topology-improvement steps beyond plain neighbor joining. The project does not document a persistent user configuration or credentials file.
Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren
For package maintainers, FastME is the classic scientific CLI shape: an academic algorithm with a paper trail, an official web runner, and a small native command-line binary that needs to stay reproducible across Unix-like systems.
Zeitleiste
- 2002: Minimum-evolution algorithms underlying FastME are published.
- 2015: FastME 2.0 paper describes the expanded NNI and SPR implementation.
- 2016: ATGC metadata lists the FastME software page as published.
- 2017: The official LIRMM GitLab project is created.
Related projects
- FastME is related to neighbor joining and other distance-based phylogeny tools; its own documentation emphasizes balanced minimum evolution, NNI, and SPR.
Quellen
Sicherheitslage
Risikostufe: grün
narrow executable package without higher-risk signals.
Risikoklassifikator
grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance
Warum
- narrow executable package without higher-risk signals
Signale
- metadata:no-higher-risk-signals
Installationsverhalten
- In den Formelmetadaten ist kein Homebrew-Post-install-Hook erfasst.
- Homebrew-Bottle-Metadaten sind für 10 Plattformziele verfügbar.
- Installiert mit 1 Laufzeitabhängigkeiten.
Empfohlene Prüfung
Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.
Executables
Installierte Executables
| Befehl | Art | Sichtbarkeit | Hinweis |
|---|---|---|---|
fastme | cli | globales Executable |
Aktualität
Version und Aktualität
Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.
Seite generiert2026-07-08
Manager-Version2.1.6.3
Manager aktualisiert
lokale DatenOK
Upstreamnot checked
neueste erkannte Versionnicht erkannt
http://www.atgc-montpellier.fr/fastme/
- InfoNo package-manager update timestamp was available.niedrig Konfidenz
- InfoRelease/tag comparison is only available for GitHub repositories.http://www.atgc-montpellier.fr/fastme/none Konfidenz
Installationsmetadaten
Paketmetadaten
| Paketschlüssel | brew:fastme |
|---|---|
| Version | 2.1.6.3 |
| Paketmanager | Homebrew |
| Paketmanager-Seite | https://formulae.brew.sh/formula/fastme |
| Homepage | http://www.atgc-montpellier.fr/fastme/ |
| Repository | https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME |
| Upstream-Dokumentation | http://www.atgc-montpellier.fr/fastme |
| Lizenz | GPL-3.0-or-later |
| Quellarchiv | https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/raw/v2.1.6.3/tarball/fastme-2.1.6.3.tar.gz |
| Abhängigkeiten | libomp |
| Bottle | verfügbar (auf arm64_linux, arm64_monterey, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, arm64_ventura, monterey, sonoma, ventura, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | nicht definiert |
| Dienst | keiner deklariert |
Registry-Fakten
Details aus der Quelldatenbank
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | fastme |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 1 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
Quellspur
Aus Repository-Daten generiert
Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Verwendete Quellen
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment