installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install mmseqs2

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install mmseqs2

Debian stable package indexes · mmseqs2 · Source: deb.debian.org

Nixvérifié · 92%

nix profile install nixpkgs#mmseqs2

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/mm/mmseqs2/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

Software suite for very fast sequence search and clustering

Liens du projet

Commandes et alias

mmseqs

historique

Historique du projet et usages

MMseqs2, short for Many-against-Many sequence searching, is a bioinformatics suite from Martin Steinegger, Johannes Soding, and collaborators for searching and clustering very large protein and nucleotide sequence sets. The project README describes it as open-source C++ software for Linux, macOS, and Windows via Cygwin, built for multicore and multi-server scalability. Its 2017 Nature Biotechnology paper introduced MMseqs2 as a sensitive protein sequence search tool for massive datasets, and the project documentation frames it as much faster than BLAST while preserving high sensitivity at practical search settings.

Historique du projet

Its major technical milestones followed the growth of public sequence databases. The 2018 Nature Communications Linclust paper integrated a linear-time clustering workflow into MMseqs2, demonstrating clustering of 1.6 billion metagenomic protein fragments in 10 hours on a single server and showing why quadratic or near-quadratic approaches such as CD-HIT and UCLUST struggled at that scale. A 2019 Bioinformatics paper expanded the ecosystem with an MMseqs2 desktop and local web-server app for interactive searches through custom protein sequence and profile databases, reducing query overhead and exposing MMseqs2 to users outside command-line-only workflows.

Modes d'utilisation

In practice, users run the `mmseqs` executable as a suite of modules and workflows: creating MMseqs2 databases from FASTA or FASTQ, running `easy-search` for sequence search, `easy-cluster` for cascaded clustering, `easy-linclust` for larger datasets, converting alignment results, and using GPU-backed search modes where available. Its package-manager niche is scientific computing rather than general CLI tooling: Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix packages make a research-grade sequence analysis engine available to workstation and server users without building the full C++ stack by hand.

Sources

posture de sécurité

Niveau de risque : orange

infrastructure mutation or orchestration signal.

Classificateur de risque

risque orange · confiance moyen · infrastructure

Pourquoi

infrastructure mutation or orchestration signal

Signaux

text:cluster

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
S’installe avec 2 dépendances d’exécution.
Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`mmseqs`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-10

version du gestionnaire18-8cc5c

gestionnaire mis à jour

données localesOK

amontnot checked

dernière version détectéenon détecté

https://github.com/soedinglab/MMseqs2

infoNo package-manager update timestamp was available.confiance faible
infoNo cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/soedinglab/MMseqs2confiance none

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:mmseqs2
Version	18-8cc5c
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/mmseqs2
Page d'accueil	https://mmseqs.com/
Dépôt	https://github.com/soedinglab/MMseqs2
Docs amont	https://github.com/soedinglab/MMseqs2/blob/master/README.md
Licence	MIT
Archive source	https://github.com/soedinglab/MMseqs2/archive/refs/tags/18-8cc5c.tar.gz
Dépendances	libomp, wget
Dépendances de compilation	cmake
Bibliothèques fournies par macOS	bzip2
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	mmseqs2
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

mmseqs2 15-6f452+ds-2+b3

ultra fast and sensitive protein search and clustering

https://github.com/soedinglab/MMseqs2

sudo apt install mmseqs2

Section: science
Architecture: amd64
Source Package: mmseqs2
8 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Mmseqs2

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mmseqs2 from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Debian apt95%

mmseqs2-examples 15-6f452+ds-2

optional resources for the mmseqs2 package

https://github.com/soedinglab/MMseqs2

sudo apt install mmseqs2-examples

Section: science
Architecture: all
Source Package: mmseqs2
1 dépendances optionnelles
normalized package name match
Correspondance par : Mmseqs2

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mmseqs2-examples from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

mmseqs2

nix profile install nixpkgs#mmseqs2

normalized package name match
Correspondance par : Mmseqs2

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/mm/mmseqs2/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

mmseqs2 15-6f452+ds-2

ultra fast and sensitive protein search and clustering

https://github.com/soedinglab/MMseqs2

sudo apt install mmseqs2

Section: universe/science
Architecture: amd64
8 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Mmseqs2

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mmseqs2 from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Ubuntu apt95%

mmseqs2-examples 15-6f452+ds-2

optional resources for the mmseqs2 package

https://github.com/soedinglab/MMseqs2

sudo apt install mmseqs2-examples

Section: universe/science
Architecture: all
Source Package: mmseqs2
1 dépendances optionnelles
normalized package name match
Correspondance par : Mmseqs2

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mmseqs2-examples from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/mmseqs2.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer mmseqs2 avec Homebrew, apt, Nix

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Linux

Résumé du paquet

Liens du projet

Commandes et alias

Historique du projet et usages

Historique du projet

Modes d'utilisation

Sources

Niveau de risque : orange

Classificateur de risque

Pourquoi

Signaux

Comportement d'installation

Revue recommandée

Exécutables installés

Version et fraîcheur

Métadonnées du paquet

Détails de la base source

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Liens internes de paquets

Hubs thématiques

Outils liés

Même workflow

Guides de sécurité des agents

Généré depuis les données du dépôt

Combined YAML source

Sources utilisées