Automic VaultAutomic Vault

brew

Installer paml avec Homebrew, apt, Nix

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de paml pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installationNotes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%
brew install paml

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install paml

Debian stable package indexes · paml · Source: deb.debian.org

Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#paml

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/pa/paml/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

Phylogenetic analyses of DNA or protein sequences using maximum likelihood

Commandes et alias

  • baseml
  • basemlg
  • chi2
  • codeml
  • evolver
  • infinitesites
  • mcmctree
  • pamp
  • yn00

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

  • narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

  • metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

  • Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
  • Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

CommandeTypeExpositionNote
basemlcliexécutable global
basemlgcliexécutable global
chi2cliexécutable global
codemlcliexécutable global
evolvercliexécutable global
infinitesitescliexécutable global
mcmctreecliexécutable global
pampcliexécutable global
yn00cliexécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08
version du gestionnaire4.10.10
gestionnaire mis à jour2026-05-03
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev4.10.10

https://github.com/abacus-gene/paml

  • OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquetbrew:paml
Version4.10.10
Gestionnaire de paquetsHomebrew
Page du gestionnaire de paquetshttps://formulae.brew.sh/formula/paml
Page d'accueilhttps://github.com/abacus-gene/paml
Dépôthttps://github.com/abacus-gene/paml
Docs amonthttps://github.com/abacus-gene/paml/wiki
LicenceGPL-3.0-only
Archive sourcehttps://github.com/abacus-gene/paml/archive/refs/tags/v4.10.10.tar.gz
Dernière mise à jour2026-05-03T17:51:16+02:00
Pulseupdated
Bouteilledisponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrewnon défini
Serviceaucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namepaml
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

paml 4.9j+dfsg-6

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 1 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Paml
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: paml from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

paml-doc 4.9j+dfsg-6

Documentation for PAML

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: paml
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Paml
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: paml-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

paml

nix profile install nixpkgs#paml
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Paml
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/pa/paml/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

paml 4.9j+dfsg-4

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 1 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Paml
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: paml from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

paml-doc 4.9j+dfsg-4

Documentation for PAML

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

sudo apt install paml-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: paml
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Paml
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: paml-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Debian apt92%

evolver 2.70+ds-8

Surface Evolver

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver
  • Section: math
  • Architecture: all
  • 2 Dépendances
  • installed executable or alias match
  • Correspondance par : Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt92%

evolver-doc 2.70+ds-8

Surface Evolver - doc

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: evolver
  • 2 dépendances optionnelles
  • installed executable or alias match
  • Correspondance par : Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt92%

evolver-nox 2.70+ds-8+b2

Surface Evolver - with no X support

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver-nox
  • Section: math
  • Architecture: amd64
  • Source Package: evolver
  • 3 Dépendances
  • 1 fournit
  • 2 dépendances optionnelles
  • installed executable or alias match
  • Correspondance par : Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver-nox from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt92%

evolver-ogl 2.70+ds-8+b2

Surface Evolver - with OpenGL display

https://facstaff.susqu.edu/brakke/evolver/evolver.html

sudo apt install evolver-ogl
  • Section: math
  • Architecture: amd64
  • Source Package: evolver
  • 7 Dépendances
  • 1 fournit
  • 2 dépendances optionnelles
  • installed executable or alias match
  • Correspondance par : Evolver
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: evolver-ogl from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

Même workflow

  • fastmeShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, phylogenetics, science.
  • trimalShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, phylogenetics, science.
  • veryfasttreeShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, phylogenetics, science.
  • iqtree3Shares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, maximum-likelihood, phylogenetics, science.
  • raxml-ngShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, maximum-likelihood, phylogenetics, science.
  • bbtoolsShares av.db curated category or tags: bioinformatics, cli, dna, science.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Sources utilisées

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • av.db category and tag curation
  • cross-ecosystem install command graph
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment