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Installer fastme avec Homebrew
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de fastme pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
aperçu
Résumé du paquet
Accurate and fast distance-based phylogeny inference program
Liens du projet
Commandes et alias
- fastme
historique
Historique du projet et usages
FastME is a distance-based phylogeny inference program from the ATGC/LIRMM ecosystem. It focuses on balanced minimum evolution methods and exposes both command-line and web-application use.
Historique du projet
FastME traces back to the 2002 minimum-evolution phylogeny reconstruction work by Desper and Gascuel. The ATGC project page describes the original FastME as using nearest-neighbor interchange and the 2.0 line as adding subtree pruning and regrafting while remaining fast enough to compare with neighbor joining.
The 2015 FastME 2.0 publication and ATGC page frame the modern package as a comprehensive distance-method toolkit, adding distance estimation for DNA and protein data, bootstrapping, and parallel computations.
Historique d'adoption
FastME is a specialist phylogenetics tool rather than a broad developer utility. Its adoption surface is the ATGC web service, Linux and Mac command-line binaries, Galaxy integration references, and scientific package-manager distribution.
Modes d'utilisation
Users run FastME to infer phylogenetic trees from sequence-derived distances when they want a fast distance method with topology-improvement steps beyond plain neighbor joining. The project does not document a persistent user configuration or credentials file.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
For package maintainers, FastME is the classic scientific CLI shape: an academic algorithm with a paper trail, an official web runner, and a small native command-line binary that needs to stay reproducible across Unix-like systems.
Chronologie
- 2002: Minimum-evolution algorithms underlying FastME are published.
- 2015: FastME 2.0 paper describes the expanded NNI and SPR implementation.
- 2016: ATGC metadata lists the FastME software page as published.
- 2017: The official LIRMM GitLab project is created.
Related projects
- FastME is related to neighbor joining and other distance-based phylogeny tools; its own documentation emphasizes balanced minimum evolution, NNI, and SPR.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 10 plateformes.
- S’installe avec 1 dépendances d’exécution.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
fastme | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-07-08
version du gestionnaire2.1.6.3
gestionnaire mis à jour
données localesOK
amontnot checked
dernière version détectéenon détecté
http://www.atgc-montpellier.fr/fastme/
- infoNo package-manager update timestamp was available.confiance faible
- infoRelease/tag comparison is only available for GitHub repositories.http://www.atgc-montpellier.fr/fastme/confiance none
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:fastme |
|---|---|
| Version | 2.1.6.3 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/fastme |
| Page d'accueil | http://www.atgc-montpellier.fr/fastme/ |
| Dépôt | https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME |
| Docs amont | http://www.atgc-montpellier.fr/fastme |
| Licence | GPL-3.0-or-later |
| Archive source | https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/raw/v2.1.6.3/tarball/fastme-2.1.6.3.tar.gz |
| Dépendances | libomp |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_monterey, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, arm64_ventura, monterey, sonoma, ventura, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | fastme |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 1 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment