macOS
Homebrewverifiziert · 100%
brew install samtoolslocal Homebrew formula metadata
MacPortsverifiziert · 94%
sudo port install samtoolsMacPorts ports tree · science/samtools/Portfile · Quelle: api.github.com
brew
samtools mit Homebrew, apt, dnf, MacPorts, Nix, zypper installieren
Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für samtools in AI-Agent-Workflows.
Installation
Weitere Installationsbefehle
Linux
Debian aptverifiziert · 92%
sudo apt install samtoolsDebian stable package indexes · samtools · Quelle: deb.debian.org
Fedora dnfverifiziert · 92%
sudo dnf install samtoolsFedora Rawhide package metadata · samtools · Quelle: dl.fedoraproject.org
Nixverifiziert · 92%
nix profile install nixpkgs#samtoolsnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sa/samtools/package.nix · Quelle: api.github.com
openSUSE zypperverifiziert · 92%
sudo zypper install samtoolsopenSUSE Tumbleweed package metadata · samtools · Quelle: download.opensuse.org
Überblick
Paketzusammenfassung
Tools for manipulating next-generation sequencing data
Projektlinks
Befehle und Aliase
- ace2sam
- blast2sam.pl
- bowtie2sam.pl
- export2sam.pl
- fasta-sanitize.pl
- interpolate_sam.pl
- maq2sam-long
- maq2sam-short
- md5fa
- md5sum-lite
- novo2sam.pl
- plot-ampliconstats
- plot-bamstats
- psl2sam.pl
- sam2vcf.pl
- samtools
- samtools.pl
- seq_cache_populate.pl
- soap2sam.pl
- wgsim
- wgsim_eval.pl
- zoom2sam.pl
Sicherheitslage
Risikostufe: grün
narrow executable package without higher-risk signals.
Risikoklassifikator
grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance
Warum
- narrow executable package without higher-risk signals
Signale
- metadata:no-higher-risk-signals
Installationsverhalten
- In den Formelmetadaten ist kein Homebrew-Post-install-Hook erfasst.
- Homebrew-Bottle-Metadaten sind für 6 Plattformziele verfügbar.
- Installiert mit 1 Laufzeitabhängigkeiten.
Empfohlene Prüfung
Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.
Executables
Installierte Executables
| Befehl | Art | Sichtbarkeit | Hinweis |
|---|---|---|---|
ace2sam | cli | globales Executable | |
blast2sam.pl | cli | globales Executable | |
bowtie2sam.pl | cli | globales Executable | |
export2sam.pl | cli | globales Executable | |
fasta-sanitize.pl | cli | globales Executable | |
interpolate_sam.pl | cli | globales Executable | |
maq2sam-long | cli | globales Executable | |
maq2sam-short | cli | globales Executable | |
md5fa | cli | globales Executable | |
md5sum-lite | cli | globales Executable | |
novo2sam.pl | cli | globales Executable | |
plot-ampliconstats | cli | globales Executable | |
plot-bamstats | cli | globales Executable | |
psl2sam.pl | cli | globales Executable | |
sam2vcf.pl | cli | globales Executable | |
samtools | cli | globales Executable | |
samtools.pl | cli | globales Executable | |
seq_cache_populate.pl | cli | globales Executable | |
soap2sam.pl | cli | globales Executable | |
wgsim | cli | globales Executable | |
wgsim_eval.pl | cli | globales Executable | |
zoom2sam.pl | cli | globales Executable |
Aktualität
Version und Aktualität
Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.
Seite generiert2026-07-10
Manager-Version1.24
Manager aktualisiert2026-07-09
lokale DatenOK
Upstreamnot checked
neueste erkannte Versionnicht erkannt
https://github.com/samtools/samtools
- InfoNo cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/samtools/samtoolsnone Konfidenz
Installationsmetadaten
Paketmetadaten
| Paketschlüssel | brew:samtools |
|---|---|
| Version | 1.24 |
| Paketmanager | Homebrew |
| Paketmanager-Seite | https://formulae.brew.sh/formula/samtools |
| Homepage | https://www.htslib.org/ |
| Repository | https://github.com/samtools/samtools |
| Upstream-Dokumentation | https://www.htslib.org/doc |
| Lizenz | MIT |
| Quellarchiv | https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.24/samtools-1.24.tar.bz2 |
| Zuletzt aktualisiert | 2026-07-09T19:51:46Z |
| Pulse | updated |
| Abhängigkeiten | htslib |
| Von macOS bereitgestellte Bibliotheken | ncurses |
| Bottle | verfügbar (auf arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | nicht definiert |
| Dienst | keiner deklariert |
Registry-Fakten
Details aus der Quelldatenbank
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | samtools |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
Source-Datenbank-Treffer
Andere Paketmanager-Einträge
Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.
Debian apt95%
samtools 1.21-1
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: science
- Architecture: amd64
- 5 Abhängigkeiten
- 1 optionale Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
Debian apt95%
samtools-test 1.21-1
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 optionale Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
Nix95%
samtools
nix profile install nixpkgs#samtools- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
Ubuntu apt95%
samtools 1.19.2-1build2
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 Abhängigkeiten
- 1 optionale Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
Ubuntu apt95%
samtools-test 1.19.2-1build2
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 optionale Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
dnf95%
samtools 1.23.1-1.fc45
Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format
sudo dnf install samtools- License: MIT
- Category: Unspecified
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 8 Abhängigkeiten
- 1 stellt bereit
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
zypper95%
samtools 1.21-1.3
Tools for manipulating next-generation sequencing data
https://github.com/samtools/samtools
sudo zypper install samtools- License: MIT
- Category: Productivity/Scientific/Other
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 10 Abhängigkeiten
- 1 stellt bereit
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
MacPorts95%
samtools
sudo port install samtools- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Samtools
Quellspur
Aus Repository-Daten generiert
Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Verwendete Quellen
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment