Installation

Weitere Installationsbefehle

macOS

Homebrewverifiziert · 100%

brew install kalign

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptverifiziert · 92%

sudo apt install kalign

Debian stable package indexes · kalign · Quelle: deb.debian.org

Nixverifiziert · 92%

nix profile install nixpkgs#kalign

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ka/kalign/package.nix · Quelle: api.github.com

Überblick

Paketzusammenfassung

Fast multiple sequence alignment program for biological sequences

Projektlinks

Befehle und Aliase

kalign

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

Kalign is a fast multiple-sequence-alignment program for protein, DNA, and RNA sequences, distributed as a command-line bioinformatics tool.

Projektgeschichte

Timo Lassmann and Erik Sonnhammer published the original Kalign method in BMC Bioinformatics on 2005-12-12. The paper described a Wu-Manber-based progressive alignment method intended to improve both speed and accuracy for large comparative-genomics workloads.

Adoptionsgeschichte

Kalign remained in the bioinformatics toolchain because multiple sequence alignment is a routine upstream step for homology, conserved-motif, phylogeny, and structure-oriented analyses. Kalign 3, published in Bioinformatics in 2019, was presented as a complete rewrite to handle larger protein and nucleotide sequence sets, using SIMD-accelerated distance estimation and fast guide-tree construction.

Wie es verwendet wird

Users run kalign on FASTA-like biological sequence inputs to produce multiple alignments. The modern README describes progressive alignment with multi-threading support, source builds with CMake, and alternatives such as Zig builds and Python packaging.

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

Kalign is a classic science CLI package: a published algorithm wrapped in a small executable, useful in scripts and pipelines, with package-manager availability making a cited method reproducible without hand-building a lab-specific binary.

Zeitleiste

2005-12-12: Original Kalign paper published in BMC Bioinformatics.
2019-10-26: Kalign 3 paper published in Bioinformatics.
2019-10-28: GitHub release 3.1 published.
2020-11-06: v3.3 release added multi-threading.
2026-02-27: Kalign 3.5.1 published.

Related projects

Related multiple-sequence-alignment tools include ClustalW, MAFFT, MUSCLE, T-Coffee, and other progressive or consistency-based MSA programs.

Quellen

Sicherheitslage

Risikostufe: grün

narrow executable package without higher-risk signals.

Risikoklassifikator

grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance

Warum

narrow executable package without higher-risk signals

Signale

metadata:no-higher-risk-signals

Installationsverhalten

In den Formelmetadaten ist kein Homebrew-Post-install-Hook erfasst.
Homebrew-Bottle-Metadaten sind für 6 Plattformziele verfügbar.
Installiert mit 1 Laufzeitabhängigkeiten.
Build-Metadaten listen 1 Build-Abhängigkeiten.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

Executables

Installierte Executables

Befehl	Art	Sichtbarkeit	Hinweis
`kalign`	cli	globales Executable

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-07-08

Manager-Version3.5.1

Manager aktualisiert

lokale DatenOK

Upstreamaktuell

neueste erkannte Versionv3.5.1

https://github.com/TimoLassmann/kalign

InfoNo package-manager update timestamp was available.niedrig Konfidenz

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüssel	brew:kalign
Version	3.5.1
Paketmanager	Homebrew
Paketmanager-Seite	https://formulae.brew.sh/formula/kalign
Homepage	https://github.com/TimoLassmann/kalign
Repository	https://github.com/TimoLassmann/kalign
Upstream-Dokumentation	https://github.com/TimoLassmann/kalign#readme
Lizenz	Apache-2.0
Quellarchiv	https://github.com/TimoLassmann/kalign/archive/refs/tags/v3.5.1.tar.gz
Abhängigkeiten	libomp
Build-Abhängigkeiten	cmake
Bottle	verfügbar (auf arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	nicht definiert
Dienst	keiner deklariert

Registry-Fakten

Details aus der Quelldatenbank

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	kalign
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

Source-Datenbank-Treffer

Andere Paketmanager-Einträge

Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.

Debian apt95%

kalign 1:3.4.0-1+b3

Global and progressive multiple sequence alignment

https://msa.sbc.su.se/

sudo apt install kalign

Section: science
Architecture: amd64
Source Package: kalign
2 Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Kalign

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: kalign from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

kalign

nix profile install nixpkgs#kalign

normalized package name match
Abgeglichen nach: Kalign

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/ka/kalign/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

kalign 1:3.3.5-1

Global and progressive multiple sequence alignment

https://msa.sbc.su.se/

sudo apt install kalign

Section: universe/science
Architecture: amd64
2 Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Kalign

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: kalign from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Paketgraph

Links stammen aus dem lokalen Paketbeziehungsgraph, Ergänzungen, Abhängigkeitskanten, Ecosystem-Matches und Paket-Hub-Mitgliedschaft.

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/kalign.yml

Verwendete Quellen

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

kalign mit Homebrew, apt, Nix installieren