macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install kalignlocal Homebrew formula metadata
brew
Installer kalign avec Homebrew, apt, Nix
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de kalign pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install kalignDebian stable package indexes · kalign · Source: deb.debian.org
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#kalignnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ka/kalign/package.nix · Source: api.github.com
aperçu
Résumé du paquet
Fast multiple sequence alignment program for biological sequences
Liens du projet
Commandes et alias
- kalign
historique
Historique du projet et usages
Kalign is a fast multiple-sequence-alignment program for protein, DNA, and RNA sequences, distributed as a command-line bioinformatics tool.
Historique du projet
Timo Lassmann and Erik Sonnhammer published the original Kalign method in BMC Bioinformatics on 2005-12-12. The paper described a Wu-Manber-based progressive alignment method intended to improve both speed and accuracy for large comparative-genomics workloads.
Historique d'adoption
Kalign remained in the bioinformatics toolchain because multiple sequence alignment is a routine upstream step for homology, conserved-motif, phylogeny, and structure-oriented analyses. Kalign 3, published in Bioinformatics in 2019, was presented as a complete rewrite to handle larger protein and nucleotide sequence sets, using SIMD-accelerated distance estimation and fast guide-tree construction.
Modes d'utilisation
Users run kalign on FASTA-like biological sequence inputs to produce multiple alignments. The modern README describes progressive alignment with multi-threading support, source builds with CMake, and alternatives such as Zig builds and Python packaging.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
Kalign is a classic science CLI package: a published algorithm wrapped in a small executable, useful in scripts and pipelines, with package-manager availability making a cited method reproducible without hand-building a lab-specific binary.
Chronologie
- 2005-12-12: Original Kalign paper published in BMC Bioinformatics.
- 2019-10-26: Kalign 3 paper published in Bioinformatics.
- 2019-10-28: GitHub release 3.1 published.
- 2020-11-06: v3.3 release added multi-threading.
- 2026-02-27: Kalign 3.5.1 published.
Related projects
- Related multiple-sequence-alignment tools include ClustalW, MAFFT, MUSCLE, T-Coffee, and other progressive or consistency-based MSA programs.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
- S’installe avec 1 dépendances d’exécution.
- Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
kalign | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-07-08
version du gestionnaire3.5.1
gestionnaire mis à jour
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev3.5.1
https://github.com/TimoLassmann/kalign
- infoNo package-manager update timestamp was available.confiance faible
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:kalign |
|---|---|
| Version | 3.5.1 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/kalign |
| Page d'accueil | https://github.com/TimoLassmann/kalign |
| Dépôt | https://github.com/TimoLassmann/kalign |
| Docs amont | https://github.com/TimoLassmann/kalign#readme |
| Licence | Apache-2.0 |
| Archive source | https://github.com/TimoLassmann/kalign/archive/refs/tags/v3.5.1.tar.gz |
| Dépendances | libomp |
| Dépendances de compilation | cmake |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | kalign |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
kalign 1:3.4.0-1+b3
Global and progressive multiple sequence alignment
sudo apt install kalign- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: kalign
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Kalign
Nix95%
kalign
nix profile install nixpkgs#kalign- normalized package name match
- Correspondance par : Kalign
Ubuntu apt95%
kalign 1:3.3.5-1
Global and progressive multiple sequence alignment
sudo apt install kalign- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Kalign
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment