macOS
Homebrew已验证 · 100%
brew install samtoolslocal Homebrew formula metadata
MacPorts已验证 · 94%
sudo port install samtoolsMacPorts ports tree · science/samtools/Portfile · 来源: api.github.com
安装
其他安装命令
Linux
Debian apt已验证 · 92%
sudo apt install samtoolsDebian stable package indexes · samtools · 来源: deb.debian.org
Fedora dnf已验证 · 92%
sudo dnf install samtoolsFedora Rawhide package metadata · samtools · 来源: dl.fedoraproject.org
Nix已验证 · 92%
nix profile install nixpkgs#samtoolsnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sa/samtools/package.nix · 来源: api.github.com
openSUSE zypper已验证 · 92%
sudo zypper install samtoolsopenSUSE Tumbleweed package metadata · samtools · 来源: download.opensuse.org
概览
软件包摘要
Tools for manipulating next-generation sequencing data
安全态势
风险级别：绿色
narrow executable package without higher-risk signals.
风险分类器
绿色 风险 · 低 置信度 · appliance
原因
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
安装行为
- formula 元数据中未记录 Homebrew post-install 钩子。
- Homebrew bottle 元数据适用于 6 个平台目标。
- 安装时包含 1 个运行时依赖。
建议审查
在无人值守的代理使用前，请检查该工具是否读取明文凭据、写入远程状态、发布制品或调用插件。
可执行文件
已安装的可执行文件
| 命令 | 类型 | 暴露范围 | 备注 |
|---|---|---|---|
ace2sam | cli | 全局可执行文件 | |
blast2sam.pl | cli | 全局可执行文件 | |
bowtie2sam.pl | cli | 全局可执行文件 | |
export2sam.pl | cli | 全局可执行文件 | |
fasta-sanitize.pl | cli | 全局可执行文件 | |
interpolate_sam.pl | cli | 全局可执行文件 | |
maq2sam-long | cli | 全局可执行文件 | |
maq2sam-short | cli | 全局可执行文件 | |
md5fa | cli | 全局可执行文件 | |
md5sum-lite | cli | 全局可执行文件 | |
novo2sam.pl | cli | 全局可执行文件 | |
plot-ampliconstats | cli | 全局可执行文件 | |
plot-bamstats | cli | 全局可执行文件 | |
psl2sam.pl | cli | 全局可执行文件 | |
sam2vcf.pl | cli | 全局可执行文件 | |
samtools | cli | 全局可执行文件 | |
samtools.pl | cli | 全局可执行文件 | |
seq_cache_populate.pl | cli | 全局可执行文件 | |
soap2sam.pl | cli | 全局可执行文件 | |
wgsim | cli | 全局可执行文件 | |
wgsim_eval.pl | cli | 全局可执行文件 | |
zoom2sam.pl | cli | 全局可执行文件 |
新鲜度
版本和新鲜度
这些信号区分页生成时间、软件包管理器活动和上游发布比较。只有存在证据 URL 和可比较版本时，才会提示版本落后。
页面生成时间2026-07-10
管理器版本1.24
管理器更新时间2026-07-09
本地数据OK
上游not checked
检测到的最新版本未检测到
https://github.com/samtools/samtools
- 信息No cached GitHub release or tag data was available.https://github.com/samtools/samtoolsnone 置信度
安装元数据
软件包元数据
| 软件包键 | brew:samtools |
|---|---|
| 版本 | 1.24 |
| 软件包管理器 | Homebrew |
| 软件包管理器页面 | https://formulae.brew.sh/formula/samtools |
| 主页 | https://www.htslib.org/ |
| 仓库 | https://github.com/samtools/samtools |
| 上游文档 | https://www.htslib.org/doc |
| 许可证 | MIT |
| 源码归档 | https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.24/samtools-1.24.tar.bz2 |
| 最后更新 | 2026-07-09T19:51:46Z |
| Pulse | updated |
| 依赖 | htslib |
| macOS 提供的库 | ncurses |
| Bottle | 可用 (于 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定义 |
| 服务 | 未声明 |
注册表事实
源数据库详情
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | samtools |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
源数据库匹配
其他软件包管理器记录
匹配项来自外部软件包管理器索引，并与本地 Automic Vault 软件包链接分开显示。
Debian apt95%
samtools 1.21-1
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: science
- Architecture: amd64
- 5 依赖
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Debian apt95%
samtools-test 1.21-1
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Nix95%
samtools
nix profile install nixpkgs#samtools- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Ubuntu apt95%
samtools 1.19.2-1build2
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 依赖
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Ubuntu apt95%
samtools-test 1.19.2-1build2
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
dnf95%
samtools 1.23.1-1.fc45
Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format
sudo dnf install samtools- License: MIT
- Category: Unspecified
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 8 依赖
- 1 提供
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
zypper95%
samtools 1.21-1.3
Tools for manipulating next-generation sequencing data
https://github.com/samtools/samtools
sudo zypper install samtools- License: MIT
- Category: Productivity/Scientific/Other
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 10 依赖
- 1 提供
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
MacPorts95%
samtools
sudo port install samtools- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
来源线索
由仓库数据生成
此页面由 av-web 从 scripts/generate-pkg-sqlite.py 生成的私有软件包 SQLite 工件提供。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用的来源
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- av.db category and tag curation
- cross-ecosystem install command graph
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment