# bioperl をインストール

bioperl のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

## インストール

```sh
sudo av install brew:bioperl
```

追加のインストールコマンド:

### macOS

- Homebrew (100%):

```sh
brew install bioperl
```

  証拠: local Homebrew formula metadata

### Linux

- Debian apt (92%):

```sh
sudo apt install bioperl
```

  証拠: Debian stable package indexes: bioperl from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

## パッケージ情報

- **パッケージキー:** brew:bioperl
- **パッケージマネージャ:** Homebrew
- **パッケージマネージャページ:** <https://formulae.brew.sh/formula/bioperl>
- **バージョン:** 1.7.8
- **ソース概要:** Perl tools for bioinformatics, genomics and life science
- **ホームページ:** <https://bioperl.org>
- **上流ドキュメント:** <https://bioperl.org>
- **ライセンス:** Artistic-1.0-Perl OR GPL-1.0-or-later
- **ソースアーカイブ:** <https://cpan.metacpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.7.8.tar.gz>
- **更新:** 2026-04-20T03:46:02Z
- **生成ソース:** 2026-05-26T22:45:13+00:00

## 実行可能ファイル

- bp_aacomp (cli)
- bp_bioflat_index (cli)
- bp_biogetseq (cli)
- bp_dbsplit (cli)
- bp_extract_feature_seq (cli)
- bp_fastam9_to_table (cli)
- bp_fetch (cli)
- bp_filter_search (cli)
- bp_find-blast-matches (cli)
- bp_gccalc (cli)
- bp_genbank2gff3 (cli)
- bp_index (cli)
- bp_local_taxonomydb_query (cli)
- bp_make_mrna_protein (cli)
- bp_mask_by_search (cli)
- bp_mrtrans (cli)
- bp_mutate (cli)
- bp_nexus2nh (cli)
- bp_nrdb (cli)
- bp_oligo_count (cli)
- bp_process_gadfly (cli)
- bp_process_sgd (cli)
- bp_revtrans-motif (cli)
- bp_search2alnblocks (cli)
- bp_search2gff (cli)
- bp_search2table (cli)
- bp_search2tribe (cli)
- bp_seq_length (cli)
- bp_seqconvert (cli)
- bp_seqcut (cli)
- bp_seqpart (cli)
- bp_seqret (cli)
- bp_seqretsplit (cli)
- bp_split_seq (cli)
- bp_sreformat (cli)
- bp_taxid4species (cli)
- bp_taxonomy2tree (cli)
- bp_translate_seq (cli)
- bp_tree2pag (cli)
- bp_unflatten_seq (cli)
- bp_aacomp (エイリアス)
- bp_bioflat_index (エイリアス)
- bp_biogetseq (エイリアス)
- bp_dbsplit (エイリアス)
- bp_extract_feature_seq (エイリアス)
- bp_fastam9_to_table (エイリアス)
- bp_fetch (エイリアス)
- bp_filter_search (エイリアス)
- bp_find-blast-matches (エイリアス)
- bp_gccalc (エイリアス)
- bp_genbank2gff3 (エイリアス)
- bp_index (エイリアス)
- bp_local_taxonomydb_query (エイリアス)
- bp_make_mrna_protein (エイリアス)
- bp_mask_by_search (エイリアス)
- bp_mrtrans (エイリアス)
- bp_mutate (エイリアス)
- bp_nexus2nh (エイリアス)
- bp_nrdb (エイリアス)
- bp_oligo_count (エイリアス)
- bp_process_gadfly (エイリアス)
- bp_process_sgd (エイリアス)
- bp_revtrans-motif (エイリアス)
- bp_search2alnblocks (エイリアス)
- bp_search2gff (エイリアス)
- bp_search2table (エイリアス)
- bp_search2tribe (エイリアス)
- bp_seq_length (エイリアス)
- bp_seqconvert (エイリアス)
- bp_seqcut (エイリアス)
- bp_seqpart (エイリアス)
- bp_seqret (エイリアス)
- bp_seqretsplit (エイリアス)
- bp_split_seq (エイリアス)
- bp_sreformat (エイリアス)
- bp_taxid4species (エイリアス)
- bp_taxonomy2tree (エイリアス)
- bp_translate_seq (エイリアス)
- bp_tree2pag (エイリアス)
- bp_unflatten_seq (エイリアス)

## ビルド依存関係

- pkgconf

## macOS 提供ライブラリ

- expat
- libxml2
- perl

## インストール挙動

- post-install フック: 未定義
- Bottle: 利用可能 対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux

## 鮮度

- ページ生成日: 2026-05-26
- マネージャ版: 1.7.8
- マネージャ更新日: 2026-04-20
- ローカルデータ: ok
- 上流リポジトリ: https://bioperl.org
- info: Release/tag comparison is only available for GitHub repositories.

## セキュリティノート

narrow executable package without higher-risk signals.

- **Geiger リスク:** green / low
- narrow executable package without higher-risk signals

## 関連リンク

- [pkgconf](https://www.automicvault.com/pkg/brew/pkgconf/) - Build dependency declared by Homebrew.
- [abricate](https://www.automicvault.com/pkg/brew/abricate/) - Popular package that depends on this formula.

## ソース

- Nucleus package database
- Geiger risk classifier
- package-page enrichment
- package version freshness
- package relationship graph
- cross-ecosystem install command graph