installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install gemmi

local Homebrew formula metadata

MacPortsvérifié · 94%

sudo port install gemmi

MacPorts ports tree · science/gemmi/Portfile · Source: api.github.com

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install gemmi

Debian stable package indexes · gemmi · Source: deb.debian.org

Nixvérifié · 92%

nix profile install nixpkgs#gemmi

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ge/gemmi/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

Macromolecular crystallography library and utilities

Liens du projet

Commandes et alias

gemmi

historique

Historique du projet et usages

Gemmi is a C++ library and command-line toolkit for structural biology, especially macromolecular crystallography. It handles mmCIF, PDB, MTZ, CCP4/MRC maps, crystallographic symmetry, reflection data, and related file formats, with Python bindings and additional interfaces around the same core library.

Historique du projet

Gemmi's repository begins in 2017 and its documentation identifies it as a joint project of Global Phasing Ltd and CCP4. The project name is both a reference to Gemmi Pass and an expansion of General MacroMolecular I/O, reflecting its emphasis on file formats and data structures used by crystallographers.

The project matured from a parser and utility collection into a broad structural-biology library. Its README and documentation describe C++14 code, Python bindings, a developing Fortran interface, partial WebAssembly bindings, web tools, and the `gemmi` command with many subcommands for validation, conversion, map handling, reflection data, and model analysis.

In 2022, Gemmi was published in the Journal of Open Source Software as 'GEMMI: A library for structural biology,' giving the project a citable software reference for scientific users.

Historique d'adoption

Gemmi's adoption is anchored in crystallography infrastructure. The README names CCP4 and Global Phasing as institutional homes, while the JOSS paper and project documentation frame it as reusable infrastructure for programs that need fast, standards-aware handling of CIF-family files, structural models, maps, and reflection data.

Package availability in Homebrew, Debian, Ubuntu, MacPorts, and Nix makes Gemmi accessible outside specialist crystallography distributions, which matters for reproducible pipelines and notebooks that mix command-line conversion with Python analysis.

Modes d'utilisation

Practitioners use Gemmi as a library when writing structural-biology software and as a CLI when inspecting, validating, converting, or extracting data from coordinate, CIF, MTZ, and CCP4/MRC files. The `gemmi` program includes subcommands such as `validate`, `grep`, `convert`, `cif2mtz`, `mtz2cif`, `map`, `sfcalc`, and `xds2mtz`.

Python users use the bindings for scripting and data analysis, while package maintainers care about the shared C++ core because it supports both standalone utilities and embedded scientific workflows.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Gemmi is package-nerd interesting because it turns hard scientific file-format support into one installable toolkit. It is small compared with full crystallography suites but intersects with many of them, so it often appears in environments where users need command-line conversion, Python bindings, and citation-grade provenance.

Chronologie

2017: Initial public repository commits.
2018: Early 0.1.x releases appear.
2022-05-04: Gemmi is published in the Journal of Open Source Software.
2020s: Documentation expands around the `gemmi` command, Python API, C++ API, WebAssembly tools, and structural-biology workflows.

Related projects

Gemmi is related to CCP4, Global Phasing software, wwPDB/mmCIF tooling, MTZ and CCP4/MRC map workflows, GemmiMOL, and scientific Python pipelines for structural biology.

Sources

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

library-like package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

library-like package without higher-risk signals

Signaux

metadata:library-like

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`gemmi`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-07-08

version du gestionnaire0.7.5

gestionnaire mis à jour2026-06-21

données localesOK

amontà jour

dernière version détectéev0.7.5

https://github.com/project-gemmi/gemmi

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:gemmi
Version	0.7.5
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/gemmi
Page d'accueil	https://project-gemmi.github.io/
Dépôt	https://github.com/project-gemmi/gemmi
Docs amont	https://gemmi.readthedocs.io/
Licence	MPL-2.0
Archive source	https://github.com/project-gemmi/gemmi/archive/refs/tags/v0.7.5.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-06-21T00:20:16Z
Pulse	updated
Dépendances de compilation	cmake
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	gemmi
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

gemmi 0.6.5+ds-3

library for structural biology - executable

https://project-gemmi.github.io

sudo apt install gemmi

Section: science
Architecture: amd64
4 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: gemmi from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Debian apt95%

gemmi-dev 0.6.5+ds-3

library for structural biology

https://project-gemmi.github.io

sudo apt install gemmi-dev

Section: libdevel
Architecture: amd64
Source Package: gemmi
1 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: gemmi-dev from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Debian apt95%

python3-gemmi 0.6.5+ds-3

library for structural biology - Python module

https://project-gemmi.github.io

sudo apt install python3-gemmi

Section: python
Architecture: amd64
Source Package: gemmi
5 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: python3-gemmi from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Nix95%

gemmi

nix profile install nixpkgs#gemmi

normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/ge/gemmi/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1

Ubuntu apt95%

gemmi 0.6.4+ds-1build1

library for structural biology - executable

https://project-gemmi.github.io

sudo apt install gemmi

Section: universe/science
Architecture: amd64
4 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: gemmi from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Ubuntu apt95%

gemmi-dev 0.6.4+ds-1build1

library for structural biology

https://project-gemmi.github.io

sudo apt install gemmi-dev

Section: universe/libdevel
Architecture: amd64
Source Package: gemmi
normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: gemmi-dev from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Ubuntu apt95%

python3-gemmi 0.6.4+ds-1build1

library for structural biology - Python module

https://project-gemmi.github.io

sudo apt install python3-gemmi

Section: universe/python
Architecture: amd64
Source Package: gemmi
5 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: python3-gemmi from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

MacPorts95%

gemmi

sudo port install gemmi

normalized package name match
Correspondance par : Gemmi

MacPorts ports tree · api.github.com · MacPorts ports tree: science/gemmi/Portfile from https://api.github.com/repos/macports/macports-ports/git/trees/master?recursive=1

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/gemmi.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
Nucleus package database
av.db category and tag curation
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment

Installer gemmi avec Homebrew, apt, MacPorts, Nix

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Linux

Résumé du paquet

Liens du projet

Commandes et alias

Historique du projet et usages

Historique du projet

Historique d'adoption

Modes d'utilisation

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Chronologie

Related projects

Sources

Niveau de risque : vert

Classificateur de risque

Pourquoi

Signaux

Comportement d'installation

Revue recommandée

Exécutables installés

Version et fraîcheur

Métadonnées du paquet

Détails de la base source

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Liens internes de paquets

Hubs thématiques

Outils liés

Même workflow

Guides de sécurité des agents

Généré depuis les données du dépôt

Combined YAML source

Sources utilisées